蛋白质结构折叠分析与速率预测

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蛋白质是生物体内存在最多的物质,在生命体的各项活动中担当着重要的角色。蛋白质的折叠问题是生物物理学的重要课题之一,主要研究蛋白质的序列、结构与功能三者之间的关系。蛋白质折叠研究的两个方向为:结构与序列之间的关系,以及序列、结构和折叠速率的关系。1、荧光光谱法在研究蛋白质的折叠构象变化及对蛋白质进行定量分析方面都起到重要的作用。本章探讨了荧光光谱的概念、发光机理及特点,分析了荧光光谱法研究蛋白质折叠的机理,对荧光光谱技术在检测蛋白质的构象变化、测定蛋白质含量以及性质方面的应用进行了综述。2、基于蛋白质的2D HP模型,运用蒙特卡洛算法,在计算机上模拟了蛋白质折叠的过程。用不同的氨基酸亲疏水的划分法,分析了五种不同疏水性特征的划分对蛋白质折叠的最小能量构象及其能量值的影响情况。2D HP模型的实验结果表明,不同的氨基酸疏水特征划分法对同一段蛋白质序列的折叠构象及最小能量影响较大;同一段序列在同一种亲疏水划分法中,从序列的正向及其反向分别开始模拟蛋白质折叠构象,蛋白质折叠结构的能量与蛋白质折叠的起始位置无关,与其构象之间存在一定的关系。3、从蛋白质的一级结构出发,预测氨基酸的亲疏水性对蛋白质折叠速率的影响。本章从20种氨基酸中的每种氨基酸亲疏水值出发,分析了氨基酸的亲疏水性对蛋白质折叠速率的影响。得出结论,20种氨基酸中的每种氨基酸亲疏水特征值之和是影响蛋白质折叠速率重要因素之一。4、从蛋白质的三维结构出发,分别提取氨基酸主链上的碳a原子(Ca)、氮原子(N)以及侧链的第一碳原子(Cb),利用线性回归分析蛋白质特征原子接触数对蛋白质折叠速率的预测影响问题。研究表明以Ca原子为特征原子预测折叠速率优于以Cb原子和N原子的预测结果。
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