基于转录组数据检测雌雄异株植物银杏的性别连锁基因

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银杏(Ginkgo biloba L.)隶属于裸子植物,现存银杏为单科单属,仅一种,为雌雄异株。生产上通常利用雌株来保证种子白果的产出,而雄株一般作为庭院观赏树种或者行道树,具有重要观赏价值。但无法在种子及幼苗期从形态上分辨其性别,以便用于不同途径,只能通过嫁接等方式来保证生产上的应用。前人在银杏性染色体方面,大多集中于细胞学核型分析。最近,基于基因组重测序和转录组数据,银杏的性别决定区域得到初步的揭示。然而,关于性别连锁基因的验证,尚未相关研究报道。本研究基于RNA-seqs,选取浙江天目山,南雄坪田不同地方的雌雄株组合不同家系,进行人工授粉实验,收获种子进行发芽试验得到子代的幼苗,对其叶片进行转录组测序,采用遗传学、分子生物学和生物信息学的方法,进行参考序列对比分析,基因表达水平分析,基因差异表达分析,预测子代性别,检测性别连锁基因。本研究的主要结果如下:本研究采用RNA-seq技术对银杏叶片进行转录组测序,共获得18个性别偏离表达的基因,初步预测103个子代中有38个个体有雄性偏向,65个个体有雌性偏向。四个家系里面DLB雌性23个雄性3个;LAB有雌性14个雄性17个;LTM有雌性19个雄性7个;PH有雌性9个雄性10个。通过SEX-DETector分析,检测银杏性别连锁的基因有14个。这14个银杏性别连锁的基因与18个性别偏离表达的基因无对应重叠关系。
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