2014年《行政诉讼法》进行修正时,将行政协议纳入行政诉讼的受案范围,并在第七十八条规定了该类案件适用继续履行等4类判决方式。2015年出台的相关司法解释中,第十一至十六条对行政协议的定义、相关案件由哪些法院管辖、适用何种法律以及判决方式等作出规定,然而条文较为简洁,相应法律规定也比较薄弱,仍有大量疑问留待解决。2019年11月最高院公布了《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（以下简称《规定》）,该《规定》对于人民法院如何审理行政协议案件进行了规范,对行政协议案件判决方式及适用条件也进一步明确。本文对大量行政协议案件进行整理分析后发现,审判实践中对于行政协议案件判决方式的应用较为混乱。虽然从整体来看,法院对于行政协议案件作出判决时不再拘泥于一般行政诉讼所规定的判决方式,但是由于缺乏明确法律规定,各法院对于行政协议案件适用判决方式并未形成统一的适用规则,导致实践中仍然存在判决方式涵盖不足、判决适用条件不一致、不能实质性解决行政协议纠纷等问题。这些问题产生的原因在于对行政协议双重属性认识不足,对行政协议纠纷中公共利益和个人利益不能准确衡量。《规定》在准确把握行政协议双重属性,平衡社会公共利益和个人利益的前提下,增设行政协议案件判决方式,明确了各判决方式的适用条件,初步构建了行政协议案件的判决体系。但是如何进一步完善行政协议案件判决体系仍然需要我们进行思考,理论层面的制度创新和司法实践层面的经验积累都是必不可缺的。本文主要的研究内容分为四部分:第一部分介绍了行政协议案件判决方式的基本理论,对行政协议与行政协议案件判决方式的概念以及行政协议与民事合同的区别加以明确,并在对行政协议案件判决方式和现有行政诉讼判决方式的关系进行梳理后,指出二者是交叉关系而非包含或全同关系,部分现有行政诉讼判决方式可以适用于行政协议案件,也有一部分判决方式在行政协议案件中不能有效发挥其价值;第二部分是对我国司法实践中行政协议案件的判决方式进行分析,对目前审判实践中存在的九类判决一一列举,并精选相应的案例佐证,指出实践中行政协议案件判决方式适用时存在的问题;第三部分是分析我国行政协议案件判决方式存在问题的成因,指出正是因为对公共利益和私人利益衡量不均,过度放大行政协议的行政属性,忽视其契约属性,造成行政协议案件判决适用混乱的情形;最后一部分则对如何完善我国行政协议案件判决体系提出具体建议,首先是进一步明确解除判决、撤销判决等的适用条件,建立统一的裁判规则,其次增设变更判决和缔约判决这两种判决形式,确保及时回应当事人诉求,最后将不适用于行政协议案件的判决方式明确排除在外,保障判决体系的高效运行。