近两年来，总部经济成为理论界和实践领域讨论的热点问题。在有关学者和专家的讨论中，关注最多的还是总部经济发展的重要性、产生的原因以及从定性角度分析总部经济对区域经济发展的贡献，而发展总部经济与区域税收关系的研究还较少涉及。 总部经济截取了决策、研发、商务营销的高端，将生产制造基地布局在具有比较优势的地区，从而使企业价值链与区域资源实现最优空间组合，使得集团企业能够以较低的成本取得经济中心城市的战略资源和欠发达地区的常规资源，实现两个不同区域优势资源在同一个企业的集中配置，实现了集团企业总部所在地区和生产加工基地所在地区的双赢。就税收环境来说，由于集团企业组成形式多样，集团总部和内部各企业之间税收课征的范围和税种存有差异，税率高低不一，还可能存在减免税优惠差异以区域税收与税源“背离”等情况，因此，当前总部企业在这一过程中遇到了一系列需要研究与探讨的问题。以上税收政策问题不仅关系到集团企业发展，也影响到集团企业总部的决策，是税收理论界和实务界应当密切关注和研究的问题。 本文将从经济决定税收的科学原理出发，从总部经济普遍汇总纳税这一规定为切入点，采用规范分析为主兼实证分析、借鉴国外研究成果与立足本国实际相结合的研究方法分析总部经济与区域税收的关系，重点分析在汇总纳税的情况下税收与税源发生了背离，总部企业税收更多的流入总部所在区域，而做为生产基地(或仓储基地)的分支机构所在区域的税收则不断的流出，并由此对分支机构所在区域产生了种种不良后果。同时，为了使总部经济在我国能够健康、持续、稳定发展，结合我国实际，提出了相关政策建议。