部门预算作为一种预算编制手段，是市场经济国家先行通用的预算编制方法，是我国政府预算改革的方向，也是规范预算管理和社会主义市场经济体制下的公共财政关系的迫切要求。在我国，部门预算经过八年的实践，已逐步走向成熟，目前已建立起了一个以预算编制为核心，以国库集中收付和政府采购为主要执行手段，初步规范的预算管理模式。中央部门转变观念，逐步调整内部组织结构，重新界定预算编报职责，为部门预算改革顺利进行和不断完善做了大量深入细致的工作。但随着社会主义市场经济的完善和预算改革的不断深化，部门预算管理中不断暴露一些问题，需要在下一步的改革中加以解决。有关各部门必须立足我国国情，在部门预算改革过程中积极探索，相互学习借鉴，总结经验，不断完善和深化部门预算改革，在预算编制和管理工作上逐步走出一条有中国特色的成功之路。　　海关系统的部门预算是中央部门预算的一个重要组成部分，其在具体改革实施过程中反映出的问题大多是各中央部门共性的问题，本文认真分析了当前海关系统部门预算改革中存在的问题，并提出了相应的对策和建议，主要是把握预算编制的原则及要领，强化部门预算执行的约束力、实行全口径预算、法制预算、阳光预算，建立健全预算绩效评价体系等。本文认为，海关系统的部门预算改革，决不仅仅是技术操作层面的改革，也不单纯是制度的创新和管理方式、方法的改进，而是一项复杂的系统工程，不论是将政府资源全部纳入海关部门预算，实行全口径预算，还是实现公众对海关预算管理的监督权，编制和执行阳光预算，都牵涉到我国行政管理体制和政治体制改革等深层次的问题，其改革必将触及方方面面的利益，需要与各项配套改革综合推进，也就是在推进部门预算改革的同时，全面实行政府采购制度和国库集中支付制度的改革，只有三项制度齐头并进，才能真正实现海关系统的“效率财政”。海关必须在当前的行政管理体制和政治体制下，积极探索深化和完善本系统部门预算改革的有效措施，并与时俱进，积极研究落实财政部新出台的涉及部门预算的政策及改革措施，切实完善海关系统的部门预算改革。　　“工欲善其事，必先利其器”。为海关系统提供进一步完善部门预算改革的重点，从实际操作层面提出一整套海关部门预算改革的具体设想，是本文着力探索的重要目标，这种探索成果可能还不尽完善，有此思路还有待于今后海关部门预算改革乃至中央部门预算改革实践来提供一个实证性的答案。　　除导论外，本文共分五个部分:　　第一部分:海关系统部门预算改革的进展情况。通过对部门预算基本内涵、构成、编制形式、内容的论述为本文展开探讨提供理论基础，同时通过对当前海关系统部门预算改革进展情况的论述，为下一步提出进一步完善海关部门预算改革的对策建议做了铺垫。　　第二部分:当前海关系统部门预算改革中存在的问题。从五个方面阐述了当前海关系统部门预算改革过程中存在的突出问题，这几方面的问题正是当前海关部门预算改革亟待完善的重点。　　第三部分:国外经验对深化海关部门预算改革的启示。举例介绍国外部门预算改革中的先进经验，并详细阐述了国外经验对完善海关系统部门预算改革的启示。　　第四部分:进一步完善海关系统部门预算改革的对策建议。通过对当前海关系统部门预算改革中存在的突出问题的分析研究，有针对性的提出了进一步完善海关系统部门预算改革的合理化建议。　　第五部分:推进海关部门预算执行制度配套改革。阐述继续推进部门预算执行制度的配套改革，即进一步完善国库集中支付制度改革和扩大政府采购范围和规模，是完善海关部门预算改革的必然要求。