溶藻弧菌整合性接合元件(ICEs)比较基因组、水平转移及突变株构建研究

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整合性接合元件(Integrating conjugative elements,ICEs)是一类能够通过细菌间接合转移而整合于宿主染色体从而实现水平转移的一类元件。近来发现其在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)中高频率存在,这可能给海洋环境带来潜在的威胁。因此,本文对溶藻弧菌中ICEs的分子结构特征、抗生素作用下的水平转移及某些基因功能进行了研究,期望能对溶藻弧菌ICEs有一个较全面的认识,为预防ICEs广泛传播带来危害及利用ICEs的丰富基因资源提供理论基础。  为了了解溶藻弧菌中ICEs的分子结构特征,本文通过对5株含ICEs元件的溶藻弧菌HN396、HN437、HN492、E0601、A056进行全基因组测序,获得了5株溶藻弧菌基因组草图;通过生物信息学软件分析及PCR扩增,填补gaps位点,获得了6个ICEs的完整序列;利用生物信息学软件及在线程序进行了比较基因组分析。结果发现:ICE ValA056-1、ICEValE0601、ICEValHN492属于典型的SXT/R391家族,而ICEValA056-2、ICEValHN396、ICEValHN437属于非典型的SXT/R391家族;6个ICEs均具有SXT/R391家族绝大部分的保守核心基因;6个ICEs可变区携带多种寻常的及特有的赋予宿主适应性功能的基因,ICEValA056-2可变区的大部分基因在其它ICEs中未发现;与整个基因组相比,6个ICEs均富含转座酶基因。  为了了解抗生素对溶藻弧菌SXT/R391元件转移频率的影响。研究了萘啶酸、诺氟沙星、卡那霉素三种抗生素对溶藻弧菌A056 ICEValA056-1转移频率的影响。通过溶藻弧菌A056与大肠杆菌菌株(Escherichia coli) VB111接合实验,研究溶藻弧菌分别在含不同浓度萘啶酸、诺氟沙星、卡那霉素的LB培养基中培养15或30 min后,ICEValA056-1转移频率的变化规律。结果发现萘啶酸、诺氟沙星能使ICEValA056-1转移频率比对照组明显增加,卡那霉素对ICEValA056-1转移频率没有明显影响。本结果表明部分抗生素的使用可以明显促进溶藻弧菌ICEValA056-1向大肠杆菌的转移,因此海洋环境中抗生素的滥用及随意排放可能加剧ICEs在不同细菌间的水平传播。  为了研究溶藻弧菌ICEValA056-2可变区prrABCD基因簇中每个基因的基因功能,借助前期构建的自杀质粒pLP12及根据同源重组原理对prrB、prrC、prrABCD进行编码框内缺失。测序结果表明,我们成功地构建了prrB、prrC、prrABCD的缺失突变株。这为后续的基因功能研究奠定了基础。
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