【摘 要】
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海洋生物基因组学和蛋白质组学研究日益迅猛发展,急需引进生物信息学的方法和手段来阐释获得的海量数据,破解蕴藏其中的生物学信息,为实验研究提供信息提示.本论文构建了一套
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海洋生物基因组学和蛋白质组学研究日益迅猛发展,急需引进生物信息学的方法和手段来阐释获得的海量数据,破解蕴藏其中的生物学信息,为实验研究提供信息提示.本论文构建了一套基于Linux操作系统的集群计算机环境和J2EE分布式运算技术的生物信息学数据分析平台-BLC(Bioinformatics Linux Cluster)系统.这一系统包括Blast、Pfam、Phrap、Interpro等生物信息学软件,可以方便地对分子序列数据进行注释、分析和运算.在此基础上,整合课题组已有序列资源,组建了中国经济类海洋生物基因组网站.为了筛选中国明对虾和文蛤中同免疫和生长发育相关的功能基因,从已构建的中国明对虾血液、眼柄和卵巢组织cDNA文库中分别测定了2371条、1024条和1172条EST.并构建了文蛤幼虫不同发育阶段的cDNA文库,从文蛤壳顶期幼虫cDNA文库中测定了1060条EST序列.利用本研究构建的生物信息学平台对获得的对虾、文蛤EST进行了分析、比较和注释.利用部分上述生物信息分析结果,克隆获得了一条2370 bp的中国明对虾细胞黏附蛋白基因全长cDNA序列,共编码684个氨基酸,成熟肽理论pI为7.98,分子量为74.58 KDa,属阳离子多肽.该序列具有1个过氧化物酶功能域(domain)和一个整合素结合基序(motif),据此推测该基因具有过氧化酶活性和细胞黏附功能.运用实时定量PCR方法分析了灭活的革兰氏阳性菌和阴性菌混合液刺激对虾后细胞黏附蛋白基因的表达谱,结果表明其主要储存在血细胞中,呈组成性表达,是对虾重要免疫应答因子之一,在免疫防御过程中具有重要生理功能.
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