菊花（Chrysanthemum×morifolium Ramat.）属于菊科菊属,是中国的传统名花,目前己经逐步发展成为世界上品种最丰富的栽培植物之一。但栽培菊花的起源问题还是世界园艺学家和植物学家跟踪和关注的焦点问题。本研究在资源调查的基础上收集种质,在北京建立菊花基因库,为菊花起源等工作（菊属植物引种栽培繁育、种间杂交、ISSR分子标记实验）创造条件。重点调查收集受种质侵蚀较轻的中国药菊品种和古老的大菊品种以及狭义菊属及其近缘属植物,并将其作为各实验的材料,利用不同技术方法为菊花起源寻找新的证据。通过走访该领域专家、翻阅资料、查阅标本、及对安徽、河南、湖北等11个省市25个代表性地点的野外实地调查,较为全面、系统地搜集了14个类型的药菊品种、多种野生菊属植物、4个毛华菊与野菊的天然杂交种,除阿里山菊之外基本上保存了中国菊属所有种,并在北京建立基因库,有效保存了菊属植物资源,为进一步解决了菊花起源研究和杂交育种提供基础材料。对部分菊属植物的生物学特性进行观察,引种适用性研究做初步评价,认为天然杂交、培育在菊花起源的过程中起到至关重要的作用。进行了4年的菊属植物的远缘杂交工作,共进行了47个组合,共得种子3225粒,杂种小苗675株,得开花变异苗30株。毛华菊与野菊、毛华菊与紫花野菊、毛华菊与甘菊较易杂交成功,并能得到种子,F₁代变异较大,花序、花色、叶型等已近乎现代菊花。F₂代天然授粉后产生更大变异,完全就是现代小菊。花色没有偏母性遗传规律,但红色遗传力大于黄色。白色和黄色要依据杂交亲本而定。杂交是菊花起源的主要方式。毛华菊、野菊、紫花野菊、甘菊、异色菊等亲缘关系较近,在菊花起源的过程中不同程度的起到作用。其杂交后代表形性状接近药菊类型及‘九华’菊。通过对86份菊属植物ISSR分子系统研究,分析得出如下结论:最终确定10条引物用于研究86份材料的遗传多样性。共扩增出151条可统计的ISSR条带,多态性比率（PPB）高达99.3%,说明供试的各基因型之间的遗传多态性很丰富,说明菊属植物丰富的遗传多样性。从ISSR-PCR聚类分析来看,毛华菊与大菊、药菊亲缘关系最近,宜昌野菊、紫花野菊、菊花脑次之;认为菊花进化主要方式:野生菊→药用菊（经济原菊）→观赏菊。系统总结了菊花起源近半个世纪的研究成果,以宏观形态学为主导,结合微观细胞学、孢粉学、同功酶、ITS测序、DNA分子标记等,再结合人工杂交、野外资源调查、引种驯化等试验,同时兼顾历史分析法得出结论:栽培菊花（陶渊明时代——原菊）原产中国,主要在长江中游（湖北、安徽、河南）部分野生种天然种间杂交,经过长期人工反复选择一些特殊变异类型,精心培养而成的栽培杂种复合体（hybrid cultigen complex）。主要亲本为毛华菊、野菊,其后紫花野菊、甘菊、神农香菊、菊花脑、异色菊等不同程度的通过花粉而参与进化,进行种质渗入,增进了菊花基因的多元化,故形成今日千变万化之菊花。天然杂交（含种间杂种）、培育和选择在菊花的形成中起了至关重要的作用。