直肠癌相关基因的生物信息学分析及实验室初步验证

来源 :四川大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yzq950830
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:结直肠腺癌(colorectal adenocarcinoma,CRA)是我国最常见的恶性肿瘤之一,发病率高,占消化道恶性肿瘤的第二位,且呈逐渐增高的趋势。目前的研究认为从正常结直肠上皮细胞到结直肠腺癌细胞的演变是多步骤、多基因逐步发展的结果,其发生发展过程与多个基因的时空异常表达以及蛋白质的相互作用有关。因此研究结直肠腺癌相关基因的表达,对研究结直肠腺癌病变分子机理具有重要意义。从抑制性消减杂交结合cDNA芯片技术筛选发现的差异表达的表达序列标签(expression sequence tag,EST)中,选择四个EST片段,基因登录号分别为ES274071、ES274070、ES274084、ES274075。为进一步研究其与结直肠腺癌的发生发展的关系,本实验对其所代表的基因进行一系列的生物信息学分析并实验室初步验证。方法:本实验中,首先将ES274071这个EST片段(420bp)作为种子序列,通过生物信息学的方法,利用Genbank数据库,电子克隆并通过DNASTAR软件拼接得到这一个基因的全长cDNA序列,并对其进行开放读码框(open reading frame,ORF)的预测、染色体定位、基因的组织表达谱分析,及其所编码的蛋白质同源性分析,二级结构及其功能的预测等。然后利用RT-PCR方法对拼接的片段进行了实验验证,并将ES274071的测序结果提交至Genbank,基因登录号为EF534308。对另一个EST片段ES274070,本实验也对其所代表的基因序列进行了ORF的实验室验证。对ES274084和ES274075进行了生物信息学分析。结果:通过网上电子克隆并利用DNASTAR软件拼接了ES274071的全长cDNA序列,长度为2790bp,比原来的EST片段(420bp)在5’端延伸了1550 bp,3’端延伸了820bp。其定位于人类染色体的9q34,ORF预测为834bp并通过测序加以验证,其编码蛋白质为SETtranslocation,其中在29-225位有一个核小体组装蛋白(Nucleosome AssemblyProtein,NAP)区域。同时在NCBI网站的Unigene数据库里发现有一已知序列与其同源,基因登陆号为NM003011,长度为2577bp,而本实验通过拼接得到的全长序列较这个已登陆的序列在5’端延伸了305 bp。另一个EST即ES274070所到表基因的ORF为336bp,利用DNA测序技术加以验证。ES274084和ES274075经分析实际为同一序列,其所代表基因的编码蛋白可能为Ⅰ型胶原蛋白。结论:将组装的ES274071的cDNA的ORF序列所编码的蛋白进行blastp检索发现其编码蛋白为SETtranslocatio。SET是肿瘤抑制因子NM23(Non-metastatic gene)及蛋白质磷酸脂酶2A(protein phosphatase2A,PP2A)的抑制剂。PP2A是一种磷酸化酶,属于抑癌蛋白,过度表达能够导致细胞周期障碍,它可调节细胞的增殖、生长及分化,而且在caspases介导的细胞凋亡中也起作用。NM23属抑癌基因,可以抑制细胞活性,抑制原位肿瘤的发生和转移,它的低表达在大肠癌的浸润和组织分化程度中起重要作用。SET含有一个ATP非依赖的核小体装配蛋白(Nucleosome Assembly Protein,NAP)的结构域,SET的NAP活性增强了染色质的可亲和性。
其他文献
【正】 任何时代、任何国家的学校课程,几乎都要受到各种因素的制约。其中最主要、最根本的是政治因素和经济因素。毛泽东在《新民主主义论》中有一个著名的论断,对于我们观
本文给出了A级曲面的定义,阐述了从点云输入到数据发布的A级曲面制作过程的一般流程,把A级曲面的制作流程分为关键的几个步骤。在每个步骤的实施过程中,根据自己的体会总结出
计算机犯罪行为是一种高科技犯罪行为,司法部门对这种行为进行审判、定罪需要充分合理的电子证据。而电子证据与传统证据相比,取证手段和分析方法都大相径庭。为还原计算机犯罪过程,有效地利用电子证据打击计算机犯罪行为,计算机取证分析技术已成为国内外研究的热点。日志记录了网络中各个设备的操作行为和运行状态,是计算机取证的重要数据来源。本文详细研究了对多源日志进行多重关联分析的计算机取证方法。获取不同数据源的日
在新课改不断深入下,对教学提出了更高的要求,不仅要使学生掌握基本的理论知识,还要加强对学生综合素质的培养,促进学生全面发展。因此,在学生掌握教材知识、有效接受学校教
综述了本科护生人格特质及其对职业发展的影响,包括对学习成绩的影响,对主观幸福感的影响,对职业兴趣的影响.对人际交往能力的影响,对择业效能感的影响.认为护理学生优良个性
"自信"是心理学范畴的概念,是指人们能够用所掌握的有限经验从容应对陌生环境挑战的心理反应能力。文化自信并不是"文化"和"自信"的简单相加,更不是自大和傲慢,而是建设中华
[目的]探讨155例多原发性癌的临床特点及预后。[方法]回顾性分析我科自1975年1月到2006年4月经病理确诊的多原发性癌患者155例,应用SPSS12.0软件进行生存分析,对再发癌为大肠
本研究采用文献资料法、问卷调查法、访谈法、数理统计法和比较法等研究方法,对经常参加广场舞锻炼的中老年人与不参加任何锻炼的中老年人的生存质量进行比较,试图揭示广场舞
这是一片古老的土地。早在3万年前的旧石器时期就有古人类在此繁衍生息,这里是中华民族远古文明的发祥地之一。$$这是一片神奇的土地。滔滔黄河纵贯南北,高山、湖泊、大漠、绿
会议
目的:探讨直肠癌各组淋巴结的转移情况包括肠系膜淋巴结、上方淋巴结及侧方淋巴结,尤其是骶淋巴结的转移率。方法:收集40例直肠癌患者行直肠癌根治术,清除肠系膜淋巴结、直肠