基于生物信息学技术筛选长生存期胶质母细胞瘤预后相关基因的研究

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背景:GBM是成人中枢神经系统最常见且是恶性程度最高的脑肿瘤,尽管采用包括手术切除、术后放射治疗以及替莫唑胺化疗的标准治疗方案,但大多数病人预后仍差。一小部分患者预后相对较好,中位生存期达到24个月或更长时间。研究发现GBM病人对各种治疗的敏感性以及预后情况受多种分子标记物的影响。寻找与GBM预后相关的因素对提高患者生存率有重大意义。生物信息技术可以对数据库中的大量微阵列数据进行同源性分析、相似性分析等等,使我们在全基因水平研究基因的调控,因此,生物信息技术的应用大大促进了医学基础研究的发展。目的:筛选GBM病人预后相关的基因,发现长生存期GBM患者的临床特点及肿瘤分子表达特征。提高对GBM患者的治疗效果,为预后评估提供依据。方法:首先,应用WebArrayDB对微阵列数据进行整合分析,我们筛选GEO数据库中GBM长生存期患者(LTSs)和短生存期患者(STSs)相关性最大的前100个基因,再同TCGA和REMBRANDT数据库的提供的候选基因进行对比分析,最终筛选出可评估患者预后的 3 个基因:Fibulin-4,IGFBP-2 和 CHI3L1。然后应用收集的77例GBM患者的石蜡包埋组织(FFPE)样本,提取DNA和RNA,应用甲基化特异性定量PCR技术(qMSP)检测肿瘤MGMT启动子甲基化状态,用实时荧光定量PCR(qPCR)来检测肿瘤中上述基因的表达。研究基因与患者预后相关性,为GBM预后的评估提供依据。结果:应用WebArrayDB对GEO数据库微阵列数据的整合分析,发现Fibulin-4,IGFBP-2和CHI3L1 3个基因与GBM患者的预后相关。在我们的实验中,LTS组MGMT启动子甲基化发生率为73.3%(11/15),STS组MGMT启动子甲基化发生率为38.7%(24/62)。两组之间有显著差异(p<0.01)。GBM样本中3个基因的mRNA表达水平明显高于正常脑组织中(p<0.01),且LTS组样本3个基因的表达水平明显低于STS组(p<0.01),多因素分析显示Fibulin-4和IGFBP-2的表达与病人预后的相关性显著(P<0.05)。Kaplan-Meier分析显示Fibulin-4和IGFBP-2和病人生存期密切相关(Fibulin-4 p<0.01;IGFBP-2 p<0.05)。结论:Fibulin-4和IGFBP2同GBM病人的预后密切相关,其表达情况可以作为评估患者预后的依据。
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