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水禽细小病毒包括番鸭细小病毒（Muscovy duck parvovirus,MDPV）、鹅细小病毒（Goose parvovirus,GPV）和新型鹅细小病毒（Novel goose parvovirus,NGPV）,其中新发病原NGPV是2015年春季以来,在我国樱桃谷鸭、半番鸭和番鸭等品种鸭中广泛流行的一种由MDPV和GPV自然重组的新毒株,并给养鸭业造成巨大的经济损失。为了研究广西NGPV的流行情况,本研究开展了对NGPV的分离鉴定、全基因组序列分析,并建立了一种NGPV的qRT-PCR检测方法,为该病的研究和防控提供材料、检测方法和理论依据。论文的研究内容与结果如下:1、番鸭源NGPV GXYL201903和GXYL201907株的分离及鉴定为了解NGPV在广西的流行情况,本研究在2019年从广西壮族自治区玉林市两个疑似感染NGPV发病番鸭场的临床病料进行常规PCR检测和细菌的分离培养,结果所有样品检测出NGPV阳性,少数病鸭组织中分离出大肠杆菌。将NGPV阳性临床样品的肝脏和脾脏等组织按常规方法处理后,通过尿囊腔途径接种9～11日龄番鸭胚分离病毒。观察并记录番鸭胚死亡情况,收集病毒致死胚的尿囊液,进行PCR检测、目的基因片段基因克隆和测序鉴定,并用病毒分离株通过肌肉注射接种1日龄健康的雏番鸭,观察感染病毒雏番鸭的临床症状,统计雏番鸭的死亡情况,并对感染鸭组织样品进行PCR检测。结果表明,接种NGPV阳性样品病毒液的番鸭胚呈现胚体充血和发育迟缓。番鸭胚尿囊液NGPV PCR检测出约409 bp目的条带。目的片段序列分析结果证明为NGPV,把分离鉴定的两株NGPV分别命名为GXYL201903与GXYL201907。分离株人工感染试验结果显示,分离株GXYL201903与GXYL201907均能引起试验雏番鸭的生长迟缓、角弓反张和喙部发绀,肝脏、肾脏有出血点,纤维性肠炎等特征性症状和病变。取部分组织进行PCR检测,检测结果为NGPV阳性,表明动物试验感染成功,GXYL201903与GXYL201907分离株对1日雏番鸭有较强的致病力。2、NGPV GXYL201903和GXYL201907株全基因序列分析用Illumina Hi Seq对NGPV分离株GXYL201903与GXYL201907进行全基因组测序,得到了两株NGPV的全基因组序列。对GXYL201903与GXYL201907全基因组序列与水禽细小病毒参考毒株序列进行同源性分析,并构建遗传进化树。然后用分子生物学软件RDP和Sim Plot对分离株进行病毒重组分析,最后用分离株和其他水禽细小病毒参考株的衣壳基因进行贝叶斯系统发育树分析。结果表明,GXYL2012903株基因组全长为5083bp,衣壳基因为2406bp～4604bp;GXYL2012907株基因组全长5063bp,衣壳基因为2416bp～4616bp。全基因组序列分析显示GXYL201903与GXYL201907分离株与参考株的相似性都在88.7%～99.8%之间,GXYL201903与福建GPV D株相似性最高,为98.9%,GXYL201907与广东MDPV GD201911株、福建NGPV FJFZ20812株相似性最高为99.8%。病毒重组分析证明番鸭源NGPV毒株GXYL201903和GXYL201907为两株重组毒株。通过水禽细小病毒衣壳基因贝叶斯系统发育树显示,两株毒株均处于MDPV分支中;分子钟时间信号评估发现NGPV所在的MDPV分支中的进化速率恒定,基因突变持续增加;物种多样性在2010年后呈现一定程度的下降趋势。3、NGPV SYBR Green I荧光定量PCR方法的初步建立根据GXYL201907毒株VP3基因核苷酸序列设计了一段长244bp的特异性引物,通过PCR扩增、基因克隆测序鉴定后制备重组质粒,用SYBR Green I染料进行荧光定量PCR扩增,进行各种反应条件的优化和特异性、敏感性及重复性试验。结果表明,本研究建立了NGPV的qRT-PCR检测方法。建立的荧光定量PCR标准曲线方程为y=-3.1671x+31.03,线性相关系数R~2为0.9983,表明线性良好。特异性试验结果表明建立的方法只检测NGPV而不能检测出参考毒株如新城疫病毒（NDV）、鸭呼肠孤病毒（DRV）、鸭肝炎病毒（DHV）、鸭坦布苏病毒（DTMUV）,其检测结果灵敏度为9.66×10~0拷贝/μL,荧光定量PCR的灵敏度比常规PCR高100倍,可作为NGPV临床诊断和流行病学调查研究。综上所述,本研究成功分离并鉴定了两株广西玉林番鸭源NGPV毒株,通过对两株番鸭源NGPV毒株的全基因组测序及相似性、同源性分析,丰富了NGPV毒株生物信息;通过贝叶斯方法,对分离株的系统发育、病毒溯源及有效种群多样性分析,阐明了我国NGPV毒株基因遗传多样性的变化规律。成功建立了NGPV实时荧光定量PCR检测方法。本研究为NGPV的流行病学调查及对基因重组、遗传变异的了解提供了理论依据和技术支持,为NGPV的防控也提供一定的参考价值。