海绵Fosmid宏基因组文库构建及抗菌功能基因初步筛选

来源 :上海交通大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qiuyu19860916
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本文从原料处理以及DNA抽提两方面着手,采用不同方法对海绵宏基因组DNA进行了抽提。比较各方法所提取的DNA浓度、纯度、片段大小,结果表明:原材料采用撕并悬浮,抽提过程采用十二烷基磺酸钠(SDS)/十二烷基肌氨酸钠/蛋白酶K(PK)所抽提得到的DNA质量较高,并且具有一定的稳定性,比较适用海绵宏基因组抽提及相关Fosmid文库的构建。而且,在此基础上通过正交试验对提取条件进行了进一步的优化。 之后,利用提取的DNA构建了一个海绵宏基因组Fosmid文库,共得到约18000个克隆,插入片段在26kb到50kb之间,其中大部分的插入片段在31kb到40kb之间。 最后,通过PCR扩增,结合传统的抑菌试验,筛选得到23株具有一定抑菌活性的克隆,并在此基础上构建亚克隆文库,最终,找到了包含有编码抑菌活性物质的基因。对其进行测序比对分析发现,该段基因能够编码一个类似对虾科抗菌肽的蛋白,可能与其抗菌活性有关。
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