冬虫夏草（Ophiocordyceps sinensis）是青藏高原特有的菌物，作为我国传统的名贵中药和高级滋补品，有着极高的经济价值。受气候变化与人类过度采挖的影响，这种珍贵药材的分布范围和发生数量出现了明显的萎缩，亟待保护。为此，本课题开展了对冬虫夏草及其寄主昆虫遗传多样性和遗传结构的研究。采用了221份采集于青藏高原甘肃省3个县、西藏44个县、青海14个县、四川14个县和云南3个县的冬虫夏草样本，使用ITS序列及COI序列为分子标记，对冬虫夏草及其寄主蝙蝠蛾昆虫分别进行遗传多样性和遗传结构的分析，以期对我国冬虫夏草资源的保护和开发利用提供科学依据。　　为了揭示冬虫夏草菌的遗传多样性和遗传分化，采用ITS片段序列进行分析。结果表明，在ITS序列(562bp)中包含有22个多态性位点，由此从221个样品的序列中鉴别出18个单倍型;总体单倍型多样性指数(Hd)为0.639，核苷酸多样性指数(Pi)为0.00619。系统发育分析表明全部单倍型形成了一个单系的分支，与Ophiocordyceps emeinsis和Ophiocordyceps robertsii关系最近。网络(Network)分析发现在三个优势单倍型中，占所有序列55％的优势单倍型(Haplotype_1)广泛分布于青藏高原，占所有序列22％的另一优势单倍型（Haplotype_2）为青藏高原北部最常见的单倍型，而占所有序列7％的第三个单倍型（Haplotype_7）主要来自于四川阿坝州、西藏林芝地区、西藏山南地区和云南丽江地区。分子方差分析(AMOVA)表明，当以最优的分组方式（即分为五组）分组时，51.32％的遗传变异来自组间，45.33％来自种群内部，3.35％来自组内种群之间。　　采用COI片段序列对冬虫夏草寄主蝙蝠蛾昆虫进行的遗传多样性和遗传分化分析结果显示，在COI序列(1028bp)中含有247个多态性位点，鉴别出81个单倍型;总体单倍型多样性指数(Hd)为0.922，核苷酸多样性指数(Pi)为0.03872，表现出很高的遗传多样性。系统发育及网络分析表明全部单倍型形成了四个分支。在81个单倍型中共发现五个优势单倍型，其中三个横跨两个群体。分子方差分析表明，当以最优的分组方式（分为五组）分组时，52.23％的遗传变异来自组间，45.29％来自群体内部，2.48％来自组内群体间。　　群体间的遗传分化系数(FST)的分析表明，青藏高原东北群体(neQTP population)、青海果洛群体(glQH population)、横断山群体(HMR population)与其余群体之间普遍存在极显著的遗传差异，四川北部群体(nSC population)与西藏中东部群体(ceTB population)之间也存在着极显著的遗传差异，而西藏中东部群体(ceTB population)与西藏南部群体(sTB population)之间都没有遗传分化。来自西藏的两个相近群体间的遗传分化较小，其他不同地域的群体间存在着较大的遗传分化，遗传多样性较丰富。中性检测和歧点分布(Mismatch distribution)分析表明，冬虫夏草菌及其寄主昆虫整体水平的Tajimas D检验值均为负值(ITS:Tajimas D=-0.29532，P＞0.05;COI:Tajimas D=-0.77619，P＞0.05)，Fus Fs检验的Fs也为负值(ITS:Fus Fs=-1.337，P＞0.05;COI:Fus Fs=-0.1.352，P＞0.05)，且其绝对值大于D的绝对值，显著性检验P值均大于0.05。由此推测冬虫夏草菌及其寄主昆虫发生了瓶颈效应，这一推测符合冬虫夏草的现状。无论冬虫夏草菌还是其寄主昆虫，其整体水平和各地理群体的预期歧点分布图都呈现为多峰型，说明整体水平和各地理群体在近期均没有经历过扩张事件。　　本研究在全面了解冬虫夏草菌及其寄主昆虫的地理群体遗传多样性格局的基础上，提出在制定宏观保护策略的时候应兼顾横断山地区和四川北部地区的两大地理群体，并且在这两个地区适宜开展冬虫夏草的原地保护工作;有必要通过建立菌、虫源保护地、制定禁挖期等方式来保证各地域内冬虫夏草菌及其寄主昆虫地理群体的恢复和增长。