行业组织自治是推进国家治理体系和治理能力现代化的重要内容。晋江行业组织为了维护市场信誉、弥补硬法缺失、降低监督成本，制定了一批自治规范，约束会员行为。为了实施自治规范，晋江行业组织对内构建激励条件、监督条件、惩戒条件，对外积极开展活动赢得政府信任支持，形成有利于自治的内外条件，推动自治规范有效实施，促进了协商民主的发展、法治社会的建设，逐步形成主体多元化的公共治理格局。　　然而，由于会员渴求行业组织帮助解决问题与行业组织协调能力欠缺之间、行业组织会员覆盖面不广与过多依靠商界精英之间、行业组织过于讲究面子与运用惩戒措施之间、行业组织渴求政府扶持与政府放权不够之间存在着矛盾，自治面临困境。为增强晋江行业组织自治，晋江行业组织应当加强自身建设，提升行业认同度，健全民主管理机制，丰富拓展职能，提高政治参与能力，加强人才队伍建设，提升自治规范质量；应当运用惩戒措施，注重可信承诺，惩戒违规行为，公开披露信息；应当健全监督机制，明确监督主体，完善监督方式，公开监督信息。　　与此同时，晋江政府应当大力扶持行业组织，建立与行业组织经常沟通的机制，将部分行业管理职能转移到行业组织，向行业组织购买服务，给予行业组织资金扶持和技术支持，并加强对行业组织的监管。