Real-time PCR用于土壤中稻纹枯病原菌的定量监测

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编号为1、2、4、6的菌株分离自水稻纹枯感病植株。本研究通过ITS+5.8S区的序列同源性分析、菌丝融合观察结合培养性状、显微观察将所获菌株鉴定为立枯丝核菌第一融合群ⅠA亚群的分离物(Rhizoctonia solaniAG1-ⅠA)。Real-time PCR技术对生物体进行定量可以区分一个碱基的差异,具有高特异性,同时可以监测真实土壤环境中丝核菌群体的动态变化。因而本研究尝试用这种方法对土壤中水稻纹枯病原菌进行了定量监测。 首先,设计出引物(RsFx/RsRn)和特异Taqman-MGB探针(RsP1Al),确定出最佳反应条件,并验证引物、探针的保守性和特异性。结果表明所设计的引物和探针保守性、特异性均符合要求。 其次,用所设计的引物和探针对梯度添加分离物2的土壤进行定量。定量结果表明某些处理的4个重复之间由于抽样及土壤DNA提取过程中的偶然误差而有一定的偏差,但由各重复的平均值的对数与添加菌丝浓度对数做出的回归曲线相关系数达到0.93,所以认为该方法用于土壤中病原菌定量有一定的可行性。 最后,本研究利用所设计的引物和探针对自然状态下的稻田土壤样品进行了定量测定,并做出了一年间水稻纹枯病原菌群体动态变化趋势图。通过对这一趋势进行分析认为:土壤温度、湿度、通气状况及耕作情况对丝核菌群体数量造成了很大的影响。
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