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家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infectious flacherie virus,BmIFV)和家蚕浓核病病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)是养蚕生产中的2种非包涵体病毒,其单独或混合感染曾引起生产上的大规模流行和严重的养蚕经济损失。因此,解明2种病毒的基因组和建立相应的检测技术是研究其流行规律的基础之一。
本研究利用5’和3cDNA末端快速扩增和常规RT-PCR技术成功获得了全长9665bp的BmIFV印度株全基因组(Gene bank:HM569717),编码3085个氨基酸的多聚蛋白。全基因组序列分析表明:该病毒株与BmIFV中国株、日本株的核苷酸和氨基酸的同源性为99%,其中3’非编码区同源性是98%,结构蛋白VP1、VP3、VP4与前导蛋白(L蛋白)的同源性为100%。依据RNA依赖性RNA聚合酶保守序列构建进化树显示:三株病毒有极高的亲缘关系。对传染性软腐病病毒属不同地域的同种病毒的基因序列比较发现:Iflavirus属不同地域的同种病毒的变异率低,可能与昆虫未健全免疫系统有关。BmIFV印度株全基因组的获得和少变异的特点,为开展小RNA病毒的功能基因组学研究,以及建立良好通用性的BmIFV检测技术提供了重要的参考依据。
此外,根据目前尚无具有较好实用性的BmDNV快速检测技术的现状,根据家蚕浓核病病毒基因组特点利用VD1和VD2共有的末端反向重复序列(Inverted Terminal Repeats,ITR)和特有的序列设计了一对特异性的引物,探索和建立了一种BmDNV快速PCR检测技术。