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目的：运用变性梯度凝胶电泳（DGGE）与测序技术比较牙周炎患者与牙周健康者唾液微生物群落结构，初步探寻两者间唾液微生物群落的差别。 材料与方法：分别收集牙周炎患者与牙周健康者唾液样本各30例，经 DNA抽提与16S rRNA基因扩增后进行DGGE电泳。采用偏最小二乘法分析两组样本间检出水平具有统计学差异的条带，进一步割胶测序确定最邻近微生物。 结果：60例DGGE图谱均展现多个条带，且牙周炎患者与牙周健康者的唾液微生物群落存在差异。共有3个条带检出水平在两组间显著不同，测序结果提示肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae）、未获培养菌ZB1880959与牙周炎组正相关(P<0.05)，而韦荣球菌SY-2/IH-1（Veillonella sp. SY-2/IH-1）与牙周健康组正相关(P<0.05)。 结论：牙周炎患者与牙周健康者唾液微生物群落存在差异，其中链球菌属（Streptococcus spp.）、韦荣球菌属（Veillonella spp.）与未获培养菌ZB1880959可能与两者间唾液微生物群落差异相关。