青鱼（Mylopharyngodon piceus）是我国四大家鱼之一,主要以水中螺蛳、蚬、蚌等软体动物为食,因青鱼具有肉质细嫩,生长速度快,营养价值高等特点,因而有着较高的潜在市场价值能力和市场需求性,为保障我国将来优质健康水产品资源供应方面发挥着十分积极重要的作用。系统性开展青鱼种质资源遗传多样性调查,并深入探讨青鱼目前种质资源现状,对青鱼种质资源的探究和保护显得极为重要。因此,在本研究中,我们选取了通过一代测序拼接出青鱼线粒体全基因组,同时使用高通量测序获得青鱼核基因组高质量SNP位点的方法,具体研究了我国青鱼不同地理群体的遗传进化指数、变异来源、历史动态、系统发育、分化程度、遗传结构等,目的是能够全面地了解到我国青鱼资源目前的遗传背景。具体的研究结果如下:1.基于线粒体全基因组的青鱼不同地理群体遗传进化分析对青鱼群体的遗传多样性进行研究是保护青鱼种质资源的前提条件。为了探究青鱼种质资源的遗传变异情况,我们首次运用青鱼线粒体全基因组来研究青鱼的遗传多样性和遗传分化程度。研究发现,90尾青鱼的线粒体DNA序列长度在16598 bp至16614bp,共检测到245个多态性位点,247个核苷酸变异位点,其中包括74个单一变异位点和171个简约信息位点。青鱼野生群体的多态性位点在73-130之间,核苷酸多样性在0.0018-0.0024之间,平均核苷酸差异数在30.5-40.2之间。青鱼养殖群体的多态性位点在66-99之间,核苷酸多样性在0.0010-0.0023之间,平均核苷酸差异数在17.4-33.9之间。养殖青鱼的遗传多样性低于野生青鱼,出现了种质资源退化现象。青鱼群体间的遗传分化指数在0.08-0.55之间,基因流在0.20-3.45之间。AMOVA分子方差分析显示了这种遗传上的变异现象主要都是发生于青鱼群体的内部,中性检验表明青鱼群体在历史上经历过一段瓶颈效应后,出现了迅速的种群扩张过程。基于遗传距离的NJ进化树显示,苏州养殖群体、玉林养殖群体、佛山养殖群体、扬州野生群体和嘉兴野生群体五个群体聚为一支,石首野生群体、瑞昌野生群体、长沙野生群体、渭南野生群体四个群体聚为一支。2.基于核基因组的青鱼不同地理群体遗传进化分析维持水产动物种内的遗传多样性水平,有利于提高水产动物对于不同环境的适应能力,是鱼类种质资源能持续发展的基础。为了探究我国青鱼种质资源的遗传变异情况,本研究首次选用青鱼全基因组SNPs位点进行分析。9个不同的群体共收集青鱼样本139个,GBS测序并过滤后共获得高质量的SNP位点53322个。研究发现,野生青鱼群体的观测杂合度、期望杂合度、核苷酸多样性的平均值分别为0.284、0.260、0.175,养殖群体的观测杂合度、期望杂合度、核苷酸多样性的平均值分别为0.284、0.258、0.173,总体上养殖青鱼遗传多样性较低,种质资源出现一定的退化现象。AMOVA分子方差分析显示了这种遗传上的变异现象主要存在于青鱼群体的内部。青鱼在各群体间的遗传分化指数在0.003-0.133之间,遗传距离在0.037-0.143之间。系统进化树显示青鱼野生群体的聚类与其地理距离有着明显的关系,长江中游野生群体聚在一起,长江下游野生群体聚在一起,苏州养殖群体、渭南野生群体、瑞昌野生群体内部出现了一定的种质混杂现象。