棉花早熟相关性状的QTL定位

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棉花是我国重要的经济作物,是纺织工业的主要原料来源。作为全球棉花生产、消费和纺织品服装出口量最多的国家之一,棉花产业在我国的国民经济中占据重要地位。但是近年来,我国耕地面积逐步减少,棉粮争地问题越来越严重。棉花早熟可以缩短种植周期,有效缓解粮棉争地矛盾。目前国内外对于棉花早熟性已经有较为深入的研究,为本研究工作提供了思路与方法,本试验借助实验室前期以陆地棉早熟品种鲁棉研19号(LMY19)和晚熟品种鲁棉研37号(LMY37)为亲本构建302个株系的重组自交系群体,利用亲本重测序数据开发In Del标记,构建陆地棉遗传图谱,对早熟相关性状进行QTL定位,结合转录组数据、棉花基因组数据以及生物信息学分析,筛选候选基因,为棉花株型改良和早熟育种实践提供理论依据。同时为探究光周期途径中基因对棉花早熟性的影响,对在植物开花调控中的光周期途径有重要功能的ELF4基因进行了基因家族分析,并探索了在不同光周期条件下陆地棉中ELF4基因的表达模式,为ELF4基因功能研究与利用提供参考。本试验的主要研究结果如下:1.对鲁棉研19号、鲁棉研37号两个亲本的株高、叶面积、全生育期、花铃期、果枝始节高5个性状进行比较,果枝始节高性状在两亲本间均存在显著差异,其他所有性状在两亲本之间均存在极显著差异。RIL群体的5个早熟相关性状表型数据都表现为正态分布,符合数量性状受微效多基因控制的特征,5个性状之间均呈正相关,且达到极显著水平。2.实验室前期使用BSA-seq方法对鲁棉研19号、鲁棉研37号及早、晚花池进行重测序并开发了In Del标记,本试验使用该In Del标记在亲本鲁棉研19号和鲁棉研37号间筛选到169对多态性标记引物,并构建遗传连锁群,共有139个标记进入连锁群,分布在23条染色体上,覆盖长度为1008.6c M,标记间平均距离为7.3c M。标记的偏分离率为39.57%,在A05、A09、A13、D05、D06染色体上鉴定到5个偏分离热点区域。3.利用win QTLCart2.5软件中的复合区间作图法鉴定出10个与早熟相关的QTLs,表型变异率贡献率在3.85~15.32%之间,分布于A07、A09、A11、D03、D08、D11染色体,遗传效应以加性效应为主。使用QTL Ici Mapping软件中的完备区间作图法鉴定到15个与早熟相关的QTLs,表型变异贡献率在2.95~33.86%之间,分布于A03、A07、D03、D08、D10、D11、D12染色体。使用QTL Network2.1软件进行上位性QTL鉴定,定位到生育期、花铃期相关的上位性QTL。上位性效应都位于D03和D08染色体之间。使用复合区间作图法在D03染色体上鉴定到一个QTL簇,对区间中134个基因进行GO、KEGG分析,结合TM-1转录组数据,预测到5个与早熟相关的候选基因。4.在亚洲棉、雷蒙德氏棉、陆地棉、海岛棉四个棉种中共鉴定出79个ELF4基因,经过系统发育分析,将棉花ELF4基因家族分为4个亚家族。棉花ELF4基因家族中基因结构和编码蛋白的氨基酸序列上具有高度的保守性。陆地棉ELF4基因在叶片、花器官中较高的表达量说明,ELF4基因在陆地棉中与花芽分化、花器官的形成有密切联系。根据荧光定量试验结果初步推测,陆地棉ELF4基因GH_D06G0805、GH_D05G0884、GH_A10G2613对开花时间起正调控的作用。
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