社区相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)肺炎临床特点及个案的病原体全基因组序列分析

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:eric_vl
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第一部分:社区相关性MRSA肺炎患者临床特征分析目的分析社区相关性甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)肺炎患者的临床资料,总结临床特征,提高对该病的认识及诊疗水平。方法从1例使用莫西沙星治愈的CA-MRSA肺炎患者入手,采用回顾性研究方法收集福建医科大学福总临床医学院2010年1月至2019年6月诊断的CA-MRSA患者6例,对其临床特征、实验室检查、影像和治疗用药进行分析。结果6例患者中,男4例,女2例,年龄6-60岁。多有发热(5/6,83%),体温在38.5℃~40.5℃,部分有咳嗽(3/6,50%),咳白痰(3/6,50%)。白细胞计数多数正常(4/6,67%);C-反应蛋白均升高,初诊时44.3-178mg/L;部分降钙素原升高(3/6,50%),初诊时0.8-3.39ng/ml;部分血沉升高(3/5,60%),初诊时45-134mm/h。6例患者4例有胸部CT资料,均表现为多肺叶病变(4/4,100%),形态学表现为结节影伴晕征(2/4,50%),斑片实变影(2/4,50%),其中1例在治疗过程中复查在结节影基础上出现多发空洞影。6例患者均对β内酰胺类抗生素耐药(6/6,100%),对环丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星及呋喃妥因、利福平、利奈唑胺、复方新诺明、万古霉素均敏感(6/6,100%),对庆大霉素、四环素多数敏感(5/6,83%),而对克林霉素、红霉素多数耐药(4/6,67%)。确诊前大多数经验性使用β内酰胺类抗菌药物抗感染(5/6,83%)。结论CA-MRSA肺炎CT可表现为结节实变影及空洞,莫西沙星对CA-MRSA有一定的抗菌活性,可用于治疗CA-MRSA肺炎。第二部分:社区相关性ST59型MRSA WXPM60基因组测序及比较基因组学研究目的对支气管肺泡灌洗液(BALF)中分离的一株致社区获得性肺炎的社区相关性甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)菌株(WXPM60)进行基因组测序,并分析该菌株基因突变情况,为MRSA的耐药机制及诊疗提供依据。方法采用第三代测序技术对WXPM60进行全基因组测序,应用软件对序列进行拼接、基因预测、功能注释、直系同源簇注释(COG)及毒力因子和耐药基因分析;并与国内常见流行序列型(ST型)菌株进行进化关系分析、毒力因子和耐药基因比较。结果WXPM60菌株染色体基因组大小为2,838,709bp,其基因组完成图序列已提交至NCBI Gen Bank数据库,登录号为SAMN11402343。进化分析显示WXPM60与其同为CA-MRSA的SA40、SA268、M013、SA957、HZW450和ST243聚为同一簇,该株CA-MRSA归类为ST59型。比较基因组发现毒力基因ebh、sak、esaB、esaA、essC、hrcN是WXPM60独有的,而毒力基因essC、esaB、esaA,seb、selk、selq是WXPM60所没有的;WXPM60含有其他ST59型菌株均有的耐药基因mepA、murA、arlR、mgrA、mepR、tet(38)和mecA,且其多了bla Z基因,少了opmE基因。其中,mepA,murA,arlS,arlR,mepR,tet(38)和nora均是对非β内酰胺类药物耐药的基因,但临床药敏试验仍提示敏感。结论本研究报道了CA-MRSA菌株WXPM60的全基因组序列,发现该菌株的毒力和耐药性与其他ST59型的菌株相近,但含有的多种耐药基因并未表达。
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