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随着测序技术的发展，对cDNA文库随机测序产生的EST(ExpessedSequenceTags)序列日渐增长，为SSR标记开发提供了强大的资源。EST-SSR分子标记由于其开发成本相对较低、较基因组SSR更能反映物种的功能基因和种间通用性好等特点，已被应用于多个物种多方面的研究中。
本研究应用球孢虫草CordycepsbassianaLi，Li，Huang&Fan的EST序列，对八种虫草无性型：蛹草拟青霉PaecilomycesmilitarisLiang，古尼拟青霉PaecilomycesgunniiLiang，蝉拟青霉Paecilomycescicadae(Miq.)SamsoN,金龟子绿僵菌Metarhiziumanisopliae(Metsch.)SorokiN,中国被毛孢HirsutellasinensisLiu，Guo，Yu&Zeng，凉山被毛孢HirsutellaliangshanensisYuetYangsp.nov.，兰坪被毛孢HirsutellalanpingensisYuetChensp.nov.，横断山被毛孢HirsutellahengduanshanensisYuetChensp.nov.建立EST-SSR体系，试图探讨EST-SSR标记在虫草无性型不同属和种之间的转移性和通用性；并对五种虫草无性型进行ITS序列分析。试图为虫草无性型遗传学研究提供一些基础资料。本文的研究结果概括如下：
对13292条从NCBI下载到的球孢虫草EST序列进行分析，获得无冗余序列6047条，总长度为3,453,083bp。其中通过拼接EST序列得到的Contig序列2134条，单一EST序列(Singlet)3913条，平均冗余率45.49％。从无冗余序列中挖掘到1101个EST-SSR位点，分布于965条EST序列中。SSR位点出现频率为15.95％，平均每3136bp出现一个SSR。主要的重复单元为三碱基重复，共555个，其中最多的基序为CGC、CAG、GCC和AAG。
从获得的EST-SSR位点中选择部分序列，设计了50对引物。经过引物筛选，有扩增产物的引物为34对，占总设计引物数的68％；其中扩增产物有多态性的为10对，占总设计引物数的20％。说明球孢虫草EST-SSR标记在八种虫草无性型上有较好的通用性。
对八种虫草无性型共94株菌株进行扩增，获得86条清晰条带，平均每组引物可以扩增除8.6条条带。多数条带的分子量都集中在100～350bp之间。八种虫草无性型聚类分析显示了各个虫草的无性型均能分开，且分为四大支。聚类图分析表明，拟青霉属种间的遗传关系较近：具体是古尼拟青霉、蛹草拟青霉和蝉拟青霉聚为一支；之后再与横断山被毛孢聚合在一起。
ITS序列分析表明，金龟子绿僵菌与古尼拟青霉和横断山被毛孢聚为一支；中国被毛孢和凉山被毛孢相聚为一类；蛹草拟青霉与蝉拟青霉相聚后与兰坪被毛孢聚合。各个种的虫草无性型均能很好的分开。