非政府组织作为全球公共卫生治理中的重要行为体，充分利用自身特点与优势积极参与治理，近年来发挥作用越来越突出：广泛开展疾病防治工作，包括各种传染性疾病、突发流行疫病以及现代慢性病，尤其重视突发公共卫生危机，在治理中往往重点关注妇女儿童等弱势群体；积极完善贫困地区公共卫生条件、增加健康设备；保护水环境、提高饮用水质量；大力支持各种公共卫生研究、开展疫苗研制工作、加大人才培养力度等等。其中不少非政府组织贡献卓著，已经成为全球公共卫生治理的典范。盖茨基金会就是一个非常成功的案例。该基金会由盖茨及其夫人梅琳达建立，充分发挥非政府组织的特点及独特优势，在20年时间里致力于全球公共卫生治理，涉猎领域非常广泛，尤其在艾滋病、疟疾、脊髓灰质炎等传染病防治以及医学科研支持方面作出了重要的贡献，取得了不错的成绩。然而尽管非政府组织在参与全球公共卫生治理中发挥了重要的作用，也取得了令人瞩目的成绩，但同时也面临不少困境，不仅有非政府组织这个群体自身的缺陷，而且非政府组织参与全球治理的机制、环境存在许多不足。盖茨基金会在治理过程中同样面对相似的困境，尽管每年基金会都进行反思总结，也努力克服了不少其他非政府组织出现的问题，但是依然还存在问题需要不断改进。