基于16S rRNA测序对树鼩自发性肿瘤与肠道菌群的分析研究

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:kmj
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[目的]目前,肿瘤研究已成为生物医学领域的重要内容之一,动物模型被广泛应用于肿瘤发生、发展、治疗及抗肿瘤药物研发。研究发现,树鼩基因组中约含22063个蛋白编码基因,基因数目比其他实验动物更接近于人类,并且与啮齿类实验动物相比较,树鼩与灵长类实验动物的亲缘关系更近。灵长类实验动物与人类之间的基因同源性较高,可以更好的模拟出人类机体疾病病理生理过程。已经有相关研究发现实验诱导的树鼩导管内乳头状瘤和浸润性导管癌均为人类共有的肿瘤病理类型,而树鼩自发性肿瘤模型能够更好的模拟出人类肿瘤的病理生理学特征。目前,罕有对于树鼩肠道微生物与肿瘤疾病之间的相关性研究。本文通过对树鼩两种自发性肿瘤的肠道菌群进行高通量测序平台分析,对树鼩自发性高级别肉瘤和自发性乳腺导管内乳头状瘤与肠道菌群的相关性进行初步探索,为肿瘤的发生与肠道菌群结构的相关性提供基础资料。[方法]本实验根据对树鼩肿瘤组织HE病理染色结果进行分组,并选取3例患有自发性高级别肉瘤树鼩为CA1组、4例患有乳腺导管内乳头状瘤树鼩为CA2组,以及6例健康树鼩为健康对照NO组。采集各组实验动物新鲜粪便样本进行DNA的提取,对肠道菌群的16SrRNA的V3+4片段进行扩增,通过对读长(Reads)进行剪切过滤,OTUs聚类,经过数据库比对,然后对物种进行注释以及相对丰度分析,得到各组树鼩肠道菌群结构、相对丰度及物种多样性。[结果]CA1组树鼩的肠道菌群OTUs有494种,CA2组有449种,NO组有640种。健康树鼩的OTUs多样性高于CA1组和CA2组。变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)是CA1组、CA2组丰度较高的门类。NO组分别与CA1组和CA2组进行比较,多样性指数Chao1指数值、ACE指数值、Shannon指数值、Simpson指数值差异均无统计学意义(P>0.05)。CA1组的生物标识为乳杆菌目(lactobacillales)。CA2组中生物标识主要为黄杆菌科(Flavobacteria),γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria),假单胞菌目(Pseudomonadales)和莫拉菌科(Moraxellaceae)。[结论]树鼩自发性肿瘤的发生多集中于5~7岁;患有自发性高级别肉瘤和自发性乳腺导管内乳头状瘤树鼩肠道菌群结构丰度和多样性均略低于健康对照组树鼩,且两种肿瘤的生物标识各不相同,提示肠道菌群中这些结构和丰度的变化与高级别肉瘤和乳腺导管内乳头状瘤的发生发展密切相关。
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