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本文对已完成全基因组测序的16个植物病原细菌基因组进行序列分析，推测出基因组中的致病基因并对其进行了功能分类。通过将这些致病基因与20个细菌（包括16个已完成全基因组测序的植物病原细菌）基因组中的基因进行BlastP分析，确定了这些植物病原细菌基因组中的菌株特有基因。如：土壤根癌杆菌菌株C58特有基因有19个，欧文氏菌马铃薯黑胫亚种SCR11043特有基因有11个，拉尔氏菌属的茄科青枯雷尔氏菌GMI1000的特有基因有10个，苛养木杆菌Temeculal特有基因有3个，苛养木杆菌9a5c特有基因有1个，甘蔗宿根矮化病菌CTCB07特有基因有8个，丁香假单胞杆菌菜豆致病变种1448A特有基因有8个，丁香假单胞杆菌马铃薯致病变种DC3000特有基因有3个，丁香假单胞杆菌的丁香致病变种B728a特有基因有2个，黄单胞菌番茄致病变种85-10特有基因有4个，黄单胞菌柑橘致病变种306特有基因有2个，黄单胞菌野油菜致病变种特有基因有4个，黄单胞菌水稻致病变种特有基因有2个。对11个植物病原细菌基因组中编码Ⅲ型分泌系统的hrp基因簇进行比较分析，确定了不同属基因簇中的属特有基因。如：假单胞菌属特有基因有5个，欧文氏菌属有5个，拉尔氏菌属有4个，黄单胞菌属有3个。在这些属的特有基因中假单胞菌属的hrpA1、欧文氏菌属的hrpA、拉尔氏菌属的hrpY、黄单胞菌属的hrpE均是编码Ⅲ型菌毛的基因。通过对这4个属hrp基因簇中同源的3个hrc基因构建系统进化树，发现树形相似，均是假单胞菌属和欧文氏菌属的基因在一个分支上，黄单胞菌属和拉尔氏菌属基因在另一个分支上。黄单胞菌属6个菌株的hrp基因簇在hrpE-hrcC之外的其余部分基因组成和序列比对有很大差异。丁香假单胞菌3个致病变种的hrp基因簇在hrcC-hrcU区域的组成有很大差异。应用基因的原核表达技术，对丁香假单胞菌番茄致病变种DC3000的菌株特有基因PSPTO4711的功能进行了初步分析，发现PSPTO4711表达的活性蛋白对拟南芥有很强的毒性。