“特色衰微”的现象困扰着城市的发展,仅仅针对形式的研究不能从根本上解决特色衰微的问题,只有深入认识地域城市形态的特征与成因,才能在此基础上探索城市地域特色的传承与发展。城市形态基因是城市形成与发展过程中的内在逻辑,对城市发展起着决定性作用。城市形态基因研究旨在揭示控制城市空间形态特征的“遗传因子”,为在全球化语境下,传承与发展地域特色提供参考。有鉴于此,文章以揭示城市空间形态基因为目的,结合ARGIS空间分析等方法,以巴渝传统聚落为研究对象,在宏观山水格局尺度层面,探究传统聚落的区位分布特征、区域山水格局、山水城营建特征,分析背后的相关生成因素,识别并解析传统聚落的山水格局基因,构建山水格局基因图谱与基因在地性表达图谱,以期为巴渝传统聚落的保护和传承提供参考。文章首先对巴渝古镇的区位分布特征进行分析,从空间分布、地理分布、文化分布几个方面分别进行归纳;然后对山水格局特征进行分析,从选址对地貌的适应性、聚落形态与山水的呼应、区域山水格局、“山-水-城”营建这几个角度进行归纳分析,总结山水格局形态特征;接下来对生成山水格局的影响因素进行分析,主要从自然环境（地形水文、风环境）、风水、地域文化几个方面进行,总结各要素对山水格局的影响内容。最后通过结构提取、占比等方法进行基因识别,识别出组成山水格局基因的六大特征因子。分别为区位因子——低山丘陵,长江支流;山水围合因子——山水塑境,山环水依;山水朝向因子——山水定向,背山面水;山水轴线因子——山水定线,文化相辅;山水尺度因子——山水为界,等级有别;山水景观因子——山水入景,巧借妙用。六大特征因子共同构成了山水格局的空间形态基因。在此基础之上,构建山水格局基因图谱和形态基因的在地性表达图谱。山水格局形态基因的在地性表达,亦是六大特征因子的在地性表达,既有山水格局基因地域性的共性表现,也有地域性个例的独特性表现。相较中国传统营建规制,巴渝地域山水格局营建既有相似性,又有地域独特性。在选址、轴线、朝向等方面既体现中国传统营建思想,又有对巴渝地域山水环境、文化等的在地性适应。了解和掌握巴渝传统聚落的空间形态基因,是构建巴渝传统聚落空间形态基因库的第一步,亦有助于城市形态地域特征的保护与传承。