处于转轨时期的中国证券市场作为世界证券市场中的一个新兴主体经过20多年的发展壮大,成为了我国社会主义经济体系和国民生活的重要组成部分,在推动经济结构调整、优化资源配置和促进现代企业制度建立等方面都扮演着不可忽视的重要角色。伴随着经济的稳定高速增长,证券市场在蓬勃发展的同时,不够健全的市场机制也为一些上市公司发生违规行为带来了可乘之机,不同类型的违规行为、不同的违规主体在不同层面、不同程度上影响着公司治理的有效性,阻碍了上市公司的健康发展,侵害了广大投资者的切身利益,严重影响了证券市场的发展。随着现代企业制度的建立与发展,公司的所有权与经营权的分离在为企业带来更好的绩效的同时也必然的产生了委托代理问题,根据理性人的假设,股东和经营者为了追求自身利益必然产生冲突,而公司治理就是为解决这种冲突产生的一种制衡机制。优秀的内部治理结构能给予投资者坚定的信心,有利于公司获得长期投资和合作伙伴从而提高公司绩效;而且,良好的内部治理结构是防止上市公司发生违规行为的重要因素,透明的企业经营流程有助于提高证券市场的透明度,降低投资风险,是保护投资者利益和市场健康发展的保障。选取2005-2014年沪深两市全部A股上市公司作为研究样本,通过Logistic回归、Poisson回归和GA-BP神经网络探索上市公司的内部治理结构对公司发生违规行为的概率及频率的影响。研究结果表明:上市公司内部治理团队规模越大、薪酬水平越低,公司发生违规行为的可能性越大且发生违规行为的频率越高;两职是否合一和独立董事比例对于上市公司违规行为的发生概率和发生频率都有正向解释作用,而“四委”设立完整的代理变量都有负向解释作用,但都不显著;且上市公司所在地区、公司实际控制人性质、所处行业属性都会对公司违规行为产生影响。GA-BP神经网络能较为有效的对上市公司是否发生违规行为进行预警,对样本总体判别成功率达到了89.44%,对上市公司违规行为发生概率的预测成功率达到了92.22%。