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水稻穗顶部颖花退化造成的“秃顶”现象在水稻中时有发生,但关于它们的QTL定位及互作研究尚未见报道。籼稻品种9311是生产上广泛应用的优良恢复系,穗大粒多,产量高,缺点之一就是存在穗顶部颖花退化现象。本研究的目的是在前期对水稻颖花退化QTL定位的基础上,利用构建的日本晴/9311水稻染色体片段代换系（CSSLs）为材料,对颖花退化的QTL进行验证和分析,为探讨穗顶颖花退化的遗传机理以及分子遗传改良水稻产量提供一定的基础。主要研究结果如下:1、在武汉和海南两地种植9311,CSSLs102及F2和SF2群体,并考查其颖花退化及相关的穗部性状。主穗颖花退化率和最大颖花退化率在两地均表现出CSSLs102＞SF2（SF3）＞9311;并且在海南,无论是亲本还是后代群体,其颖花退化现象均比武汉严重。主穗颖花退化率和最大颖花退化率均与穗长存在极显著的负相关。在海南的颖花退化变化与抽穗期不相关。2、利用分离体分组混合DNA池,用165对日本晴与9311间具有多态性的SSR标记对代换系及其后代F2群体进行全基因组扫描,将影响颖花退化的主效QTL初步定位于第3和第9染色体上。3、利用SF3家系对第3染色体进行QTL检测和验证,发现第3染色体的RM14795-RM14803标记区间存在同时控制主穗穗长、抽穗期、一次枝梗、二次枝梗的QTL。在RM14820-RM14859标记区间分别存在影响主穗颖花退化率和最大颖花退化率的QTL,解释的表型变异率分别为11.1%和9.5%。4、利用F3群体对第3染色体和第9染色体两位点进行互作分析,结果表明:存在两对控制颖花退化的基因,分别位于第3和第9染色体,其中第3染色体的基因效应较第9染色体的大,且均以显性作用为主;两位点间存在显著的显性×显性互作影响水稻颖花退化。