大幅面扫描仪在满足大幅面数据采集需求的同时,还需具备较高的分辨率,这使得扫描仪采集到的数据量成倍增加、多个CCD之间的同步控制变得复杂。因而,如何设计出一套扫描仪数据传输系统,使扫描仪快速高效的工作,成为大幅面扫描仪研发的关键。本文选取实时性比较高的Linux2.6操作系统内核,通过分析Linux操作系统启动过程各个阶段的执行机制,构建出适用于X86架构CPU控制板的嵌入式Linux系统。在此系统之上,通过分析多CCD扫描仪数据传输的特性,选用数据传输速率高且可靠性有保障的RUDP传输协议,设计开发出基于嵌入式Linux的多CCD扫描仪数据传输系统。经过测试,该数据传输系统可成功应用于双层控制多CCD扫描仪设备之上,有效的解决了多个CCD之间的并行工作、图像拼接与裁减、图像数据的传输、图像的水平错位等问题。