短花针茅（Stipa breviflora）为暖温型荒漠草原的建群种，也是重要的牧草资源，广泛分布于内蒙古高原、鄂尔多斯高原、黄土高原、青藏高原和新疆等地区。由于人为干扰和气候变化，荒漠草原退化严重，生物多样性下降，生态系统服务减弱。因此，探讨短花针茅种群遗传多样性和遗传结构的变化、揭示影响其遗传多样性与遗传分化的主要因素，对于深入理解荒漠草原主要建群植物物种的遗传多样性维持机制具有重要的理论意义。同时，对于退化荒漠草原的恢复，生物多样性保护等实践也具有参考价值。本研究以内蒙古高原由东向西采集的21个短花针茅群体为研究对象，利用15个SSR分子标记，通过群体遗传学的分析方法，刻画短花针茅群体的遗传多样性和遗传结构特征，检测群体间的遗传分化程度及基因流水平，并揭示其影响因素。得到以下主要结论：　　(1)遗传多样性　　利用SSR-PCR反应体系，筛选出12对条带清晰、多态性良好的短花针茅SSR引物，并扩增出166条多态性条带，平均每条引物扩增13.8条。在物种水平上，短花针茅的期望杂合度（He）是0.7258，Nei’s多样性指数是0.7251，Shannon’s多样性指数（I）为1.7384，表明短花针茅具有较丰富的遗传多样性。　　(2)遗传结构与遗传分化　　STRUCTURE聚类结果表明，21个短花针茅群体共分为3组，遗传变异大部分来源于群体内个体间，而群体间和组间遗传变异较小。F-统计分析表明短花针茅的遗传分化系数（Fst）为0.0822，平均基因流为2.7924，说明短花针茅呈中等程度的遗传分化，且基因流较为充分，因此不存在由遗传漂变导致的遗传分化。　　(3)空间分化的气候和地理因素　　Mental相关性检验结果表明短花针茅群体的遗传距离与地理距离无关，但是与环境距离相关。短花针茅群体的遗传距离与温度和降水因子均存在显著的相关关系，表明水热差异是导致内蒙古高原短花针茅种群产生遗传分化的主要原因。