我国长江水域港口中的浦口、汉口、裕溪口和枝城，即“三口一枝”　　 一直是长江水域煤炭运输大港，多年来一直牢牢占据长江煤炭运输市场的半壁江山。随着长三角地区对煤炭需求量的只增不减，目前长江水域已有的煤运船队已远远不能保证市场需求，因此建立以“三口一枝”为核心的长江水域煤炭水运配船系统无论是对促进我国长江水运物流的快速持续发展还是对航运企业的经济效益最大化都具有非常现实的意义。　　 本文从水运系统整体着眼，对长江流域的浦口、汉口、裕溪口和枝城各港口煤炭运输航线的船型选择和船型编队进行了探讨，建立了该水域配船的数学模型。受生物免疫的启发，对克隆选择算法进行了深入研究，通过构造适当的罚函数对该数学模型的不等式进行有效的约束从而实现了克隆选择算法对该数学模型的求解。通过上述研究和探讨最终建立了以MATLAB/VB/SQL SERVER混合开发环境为背景的航线配船系统，详细介绍了该应用系统的开发、设计、实现以及最终的优化结果。　　 本文的特点在于利用克隆选择算法对大规模、多约束的混合整数线性规划问题求解，针对具体应用背景了建立了界面友好、使用方便灵活、具有较强实用价值的航线配船系统。