真核生物中,严格的转录调控机制对于基因的正确表达具有重要的作用,而有效的转录终止能够防止相邻基因发生转录通读。转录通读（Transcriptional read-through,TRT）是指一个基因在转录过程中越过终止信号而继续转录下游DNA的现象,它不仅能够造成相邻基因的转录干涉,还会导致两个甚至多个基因产生异常的转录本。目前为止,拟南芥中关于调控转录通读的机制还不是很清楚。3’UTR在基因的转录过程特别是转录终止过程中具有关键作用,本研究使用稳定表达35S-LUC（CaMV 35S promoter::LUCIFERASE,without 3’UTR）的拟南芥转基因株系作为野生型,通过对WT野生型进行EMS诱变,筛选LUC基因表达的突变体,鉴定到参与调控基因转录通读的两个关键因子:核小体重塑蛋白DDM1（Decrease in DNA methylation 1）和RNA结合蛋白DDM3（Decrease in DNA methylation 3）。DDM1是Snf2家族一个重要的染色质重塑因子,它能改变核小体的组成和排布,它的突变会造成大量转座子和重复序列DNA甲基化水平的降低,表达量升高。本研究表明,DDM1能够限制外源35S-L CUC和内源MULE-CYP40位点转录通读,进一步通过链特异性转录组测序发现,在ddm1-11突变体中有43个TRT位点,包括基因和基因,转座子（TE）和TE以及基因和TE。将ddm1-11突变体中的TRT位点比对到拟南芥的五条染色体上,发现以上位点主要分布在着丝粒附近的异染色质区域。通过对全基因组亚硫酸氢盐测序结果分析发现,这些转录通读位点的DNA甲基化水平在ddm1-11突变体中明显下降,且通常发生在野生型中基因间甲基化水平较高的区域。这一结果也暗示,基因间的DNA甲基化水平在阻止异常基因转录通读以及新基因的产生过程中发挥着重要作用。除DDM1外,本研究还鉴定到一个拟南芥RNA结合蛋白DDM3,该蛋白含有三个能够和RNA结合的KH结构域。DDM3蛋白定位于细胞核中并可能在拟南芥的花粉中表达。通过RT-PCR、Northern blot以及转录组测序发现,DDM3的突变也能造成外源35S-LUC和内源基因或者TE发生转录通读。进一步转录组测序分析结果表明,在ddm3突变体中有719个基因和634个TE表达量上调,而全基因组亚硫酸氢盐测序结果也表明,DDM3的突变能够造成CG、CHG和CHH位点的DNA甲基化水平明显降低。进一步研究发现,ddm3突变体和ddm1突变体的DMRs重叠区域最多,在基因组上的分布也最相近。通过对RIP-seq结果的分析发现,DDM3能够结合到DNA甲基化水平降低位点对应的RNA序列上。除此之外,分子筛和质谱分析结果表明,DDM3在体内以复合物形式存在,并且和DRM1相互作用。综上所述,DDM1和DDM3能够限制异常基因的转录通读,基因间序列的DNA甲基化水平是转录通读过程中的一个重要信号。本研究还发现了拟南芥中调控DNA甲基化的一种新的作用机制。DDM3通过结合到特异位点的RNA上,进而招募DNA甲基转移酶催化对应位点的DNA甲基化进而调控基因的表达,而DDM1也参与了这一过程。这些发现有助于我们更深入地了解植物中DNA甲基化的作用机制,并增进对基因转录通读过程的认识。