我国自2012年开始在上海市部分行业实施营改增试点方案以来，已经取得了良好的反响。截止2014年1月底全国试点企业中有95%的企业是减税的，但是仍有5%的企业税负有所增加，这其中就包括交通运输业。我国开展营改增的初衷是降低企业税负，逐步消除重复征税。但是就目前的执行效果来看，交通运输业的税负出现了不降反升的现象。因此，本文将以交通运输业作为研究重点，运用定性和定量相结合的方法，对试点企业营改增前后的税负变化情况进行分析。首先对交通运输业在营改增过程中面临的问题和难点进行归纳总结，然后根据一定的选取原则和分类标准，选取了注册地为上海的12家交通运输业上市公司2009-2012年的年报数据为研究样本，运用对比分析法得出样本公司税负的变化情况。并且按照航空运输业、水上运输业、陆路运输业三大类来深入分析不同运输行业的税负变化原因。最后通过借鉴国外的先进经验，提出相应的政策建议来完善我国税制结构和财政体制的建设。例如降低增值税税率、设置合理的税率档次、提高地方在增值税中的分成比例等建议。