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我国果树资源丰富,苹果、柑橘等水果含有丰富的维生素、多糖等营养物质,具有抗氧化、抗衰老、抗炎症等功效,具有重要的市场经济价值。病毒病害影响果树植株的正常生长,甚至给相关产业造成严重损失。果树病毒病害种类较多,其中部分病害的病原物至今未能确认,因此果树病毒病害的检测与鉴定对于生产及防治至关重要。病毒在果树体内分布不均且具季节性差异,有些病毒为潜伏侵染,这些因素都限制了传统病毒检测方法在果树病毒鉴定上的应用。宏转录组测序技术,可以在没有任何同源性参考序列的情况下拼接出新病毒,它的发展大大加快了未知病毒病原物的检测和鉴定进程。宏转录组测序有两种建库方式:Poly(A)富集法和去除rRNA法。本研究首先使用Poly(A)富集法对症状表现为叶片卷曲、主脉黄化、矮化的长春花样品建库测序获得病毒片段,Blast比对鉴定其为中国未曾报道过的莴苣褪绿病毒(Lettuce chrolosis virus,LCV),利用RT-PCR技术验证基因组全序列。序列比对分析表明,本分离物LCV-PW与加州分离物的全基因组RNA1和RNA2核苷酸序列相似度分别为85%和88%,11个ORFs氨基酸序列同源性为62%-100%。LCV基因组不含有poly(A)尾,数据分析仅获得少量碎片序列,由此看出,Poly(A)富集法并不能完美地应用于未知病原物检测,它可能会疏漏那些不含poly(A)尾的新病毒或者只能提供碎片化序列,这将增加研究成本和工作量,减缓甚至阻碍新病毒鉴定的进程。随后本研究使用去除rRNA法建库,从新红星苹果叶片中分析得到一种新的负链RNA病毒。前期指示植物鉴定显示该病毒可能与苹果肿枝症状相关,故暂命名为苹果肿枝病毒(Apple flat limb virus,AFLV)。AFLV是三分体负链RNA病毒,每条链仅编码一个开放阅读框(ORF),基因组RNA1-3分别编码RNA依赖RNA聚合酶(RdRp)、运动蛋白(MP)和外壳蛋白(CP),进化分析将其列为布尼亚病毒目白蛉病毒科下一个新属病毒。另外,辽宁、河北、河南、山东和新疆5个苹果产区均检测出AFLV,侵染率为9.4%-83.7%,对部分阳性样品的MP和CP克隆测序,所得分离物在系统进化树上共分为三组,无明显地区差异。将测序原始数据比对到基因组全序列上,发现去除rRNA建库法不仅能解决Poly(A)富集法的问题,检测不含poly(A)尾RNA病毒,还可一次性获得病毒基因组近全长序列。继续使用去除rRNA法宏转录组测序,从具有褪绿斑点症状的费纳·克列门丁叶片中分析得到又一新病毒,暂命名为柑橘褪绿斑点相关病毒(Citrus leaf flecking-associated virus,CLFaV),嫁接实验发现与德威特橘橙、尤力克柠檬枝干流胶相关,推测可能是柑橘囊胶病病原物。CLFaV由2条单链RNA构成,共包含3个开放阅读框。负链RNA1编码RdRp,RNA2是双义链,正义链编码MP,互补链编码CP,在这2个ORF之间存在一段富含AU碱基的序列,推测可形成茎环结构,其中含有转录终止信号。CLFaV与侵染西瓜的WCLaV具有较高同源性,但不能通过摩擦接种传播到黑秀龙卷风、豫艺如意、国豫甜宝和新墨玉四个西瓜品种上。本研究从苹果、柑橘这两种果树上鉴定到的两种负链RNA新病毒AFLV和CLFaV,与白蛉病毒属病毒有较高同源性,但在自然寄主、基因组结构等其他方面存在差异,因此建议归类于布尼亚病毒目白蛉病毒科下两个不同的新属中。