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川滇高山栎(Quercus aquifoliodes Rehd.Et Wils)是一种常绿硬叶的栎属(Quercus)高山栎组(Sect.Heterobalanus(Oerst.)Menits)植物,广泛分布于我国西南的高海拔地区,对严酷的生态环境有较强适应力。本研究基于干旱与缺氧相关的候选基因,使用景观基因组学的研究方法,对川滇高山栎的生态适应进行了研究。我们挑选了 65个候选基因,使用高通量测序的方法,从60个川滇高山栎种群,587个个体中鉴定出381个高质量的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点。首先我们使用所有SNP数据和中性的SNP数据,并结合已经发表的8个简单序列重复(Simple Sequence Repeat,SSR)位点,共三套遗传数据对川滇高山栎的遗传多样性和遗传结构进行比较分析。结果表明川滇高山栎在其分布区内分为两个分枝,分别是分布于西藏东部地区的Tibet分枝和分布于横断山脉和四川西部山区的HDM-WSP分枝。基于所有SNP数据的结果表明,Tibet分枝和HDM-WSP分枝间分化更加明显,这可能是对不同生态环境的适应造成的。基于中性SNP和SSR数据集的分析结果表明,Tibet分枝的遗传多样性显著小于HDM-WSP分枝。其次,我们分别使用两种基于FST异常值的检测方法(BAYESCAN和FDIST2)和两种基于等位基因频率与环境梯度相关性的检测方法(BayEnv和LFMM),共检测到来自56个候选基因的310个异常SNP。在Tibet分枝和HDM-WSP分枝中检测到的特有或者两者共有的SNP所属基因可用来挖掘该物种生态适应的分子机理。最后本研究使用两种线性的方法:Mantel检验和冗余分析(redundancy analysis,RDA)以及两种非线性的方法:梯度森林(Gradient Forests,GF)和广义相异建模(Generalized Dissimilarity Modelling,GDM)来分析川滇高山栎的遗传变异对环境梯度的响应模式。结果表明,在所有种群中,地理因素是影响遗传变异的最主要因素。但是相较于大尺度空间(所有种群),在小尺度空间范围内(两个分枝),气候因子的作用变大。另外GF的累积重要性曲线图表明,经度范围在东经96-98度之间、一月降水量在12-14毫米之间、六月降水量在160-180毫米之间时,对遗传变异的影响最大,而其他环境因子对遗传变异的影响比较平缓。本研究基于从候选基因中得到的SNP位点和已发表的SSR数据,分析了川滇高山栎的遗传多样性及遗传结构,而且对川滇高山栎的适应性SNP位点进行了鉴定,同时研究了川滇高山栎对不同环境因素的响应模式,这为更加深入地研究川滇高山栎的生态适应及制定相应的保护策略提供基础理论依据,并且为其他树种的景观基因组学研究提供了新的见解。