随着社会经济的不断发展及人口的大量增长，水资源已经成为地区可持续发展的重要因子之一，尤其是对于云南省这一全国严重缺水的省份之一，干净的水资源显得弥足珍贵。但是由于水资源时空分布差异及水污染问题，造成云南省部分地区水资源相对丰富，而有些地区相对匮乏。为了缓解水资源供需间的矛盾，以及进一步合理配置水资源，跨流域调水工程势在必行。近年来，随着大中小引水工程的实施，受水区的用水形势以及湖泊水环境均得到明显改善。同时为了保障工程的持续运行以及后期管理维护，亟待解决问题便是跨流域生态补偿。本文以定性评价和定量评价相结合的方式，通过实地调研对掌鸠河引水工程、牛栏江补水工程、清水海引水工程、引洱入宾工程以及抚仙湖调水工程的研究和分析，并结合工程关于生态补偿方面的资料，针对目前云南省调水工程，制定跨流域生态补偿机制，不仅为工程的持续运行以及后期管理维护提供保障，还为各个流域人口、资源和环境的可持续发展提供新思路。主要的研究成果如下：1．掌鸠河引水工程水源区水资源量补偿费用为2.19亿元，限制发展补偿费用均值约为14.82亿元，水污染防治补偿费用0.32亿元，水源涵养补偿费用为0.21亿元，其他潜在补偿费用为0.95亿元，而受水区承担用水费用为10.74亿元。牛栏江滇池补水工程水源区生态补偿费用约为11.01亿元，受水区生态补偿费用为6亿元。2．结合案例分析，发现目前的跨流域调水工程关于生态补偿存在以下问题：首先生态补偿方式为资金补偿、实物补偿、政策性补偿和项目补偿，但均属于政府补偿，较为单一，水源区和受水区之间生态补偿费用缺口较大，目前的生态补偿方式不能满足工程以后的运行及后期管理维护，其次水源区因水量减少造成生态、环境、经济、社会问题日益严峻，主要为面源污染严重、社会经济发展与水源保护的矛盾突出、湖泊生态环境破坏严重。3．初步制定了云南跨流域调水生态补偿机制框架图，机制主要构成分为优质水源、补偿主客体、评定团队以及相关政策建议。分析了机制各构成要素之间的相互关系，认为评定团队在机制运行中起核心作用，最后应加强利益相关者关系协调、制定合理的核算方法、制定相关激励机制、加强补偿机制运行的监督。