新型农村合作医疗制度（新农合）作为农村居民的一项基本医疗保障制度，已经成为覆盖青海省人口最多的一项医疗保障制度。其参合率从2003年的86.34%稳步提高到2013的98.29%，覆盖全省352.65万农牧民群众，受益人次数从127.19万上升到284.15万，增加了1.23倍，累计受益人口达1737.49万人次。新农合的运行使农村居民医疗负担得到减轻，卫生服务利用率得到提高，基层医疗机构得到发展，“因病致贫、因病返贫”的状况得到缓解。本文以卫生经济学理论、福利经济学理论、马克思主义社会保障理论、新公共管理理论和可持续发展理论等为理论基础，围绕新农合应该如何筹资，资金如何有效使用及如何通过加强监管来提升绩效以促进新农合可持续发展为基本研究思路；选取投入落实类、运行过程类和产出效果类共计20项指标，建立新型农村合作医疗运行效果评价指标体系，运用因子分析法，结合对农牧民的问卷调查进行实证分析；在此基础上，我们发现青海省新型农村合作医疗制度的运行还存在很多问题，发展水平还有待提高，为此提出了要大力发展农村经济，逐渐恢复新农合社会保险性质，建立动态筹资机制，调整新农合补偿方案，有效衔接各类医疗保障制度以及加强新农合管理能力建设等建议。