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目的:研究组蛋白去乙酰化酶9（histone deacetylase 9,HDAC9）基因多态性与大动脉粥样硬化型脑梗死（large-artery atherosclerosis,LAA）的遗传易感性、卒中严重程度以及短期功能预后之间的关联。方法:从南京卒中注册系统检索2013年8月至2017年1月在南京卒中注册系统注册登记的LAA型脑梗死患者（1011名）,同时选取当地行健康体检的健康居民（1121名）作为对照组。患者入组标准如下:（1）年龄≥18岁;（2）南方中国汉族人群;（3）所有患者依据 Trial of Org 10172 in Acute Stroke Treatment（TOAST）分型标准诊断为LAA型脑梗死;（4）卒中前modified Rankin Scale（mRS）评分≤1。排除标准:（1）严重心、肝和肾功能不全;（2）出血性疾病;（3）自身免疫性疾病;（4）恶性肿瘤。健康对照组从规律行体检的当地居民中招募。排除心血管疾病、肿瘤、自身免疫、出血性疾病以及肝肾功能不全。应用SNPscan技术对HDAC9基因的两个单核苷酸多态性位点rs2074633和rs28688791进行基因分型。LAA型脑梗死患者的入院卒中严重程度及短期功能预后分别用入院美国国立卫生研究院卒中量表（National Institute of Health stroke scale,NIHSS）评分以及3个月mRS评分进行评估。NIHSS2分,良好短期功能预后定义为mRS≤2分。所有的LAA型脑梗死患者在脑梗死发作3个月后通过电话随访或临床随访。多因素Logistic回归模型用于分析rs2074633和rs28688791基因型与LAA型脑梗死的遗传易感性、卒中严重程度以及短期功能预后之间的关系。结果:多因素logistic回归分析显示,rs2074633的CC基因型[优势比（odds ratio,OR）=1.40,95%可信区间（confidence interval,CI）=1.02-1.91;P=0.039]与rs28688791 的 TC/CC 基因型（OR=1.26,95%CI=1.03-1.55;P=0.025）是 LAA型脑梗死的独立危险因素。对年龄与性别的进一步亚组分析显示:在男性中,rs2074633（CC vs.TC/TT,OR=1.50,95%CI=1.04-2.16）和 rs28688791 的 C等位基因与LAA型脑梗死的发病风险有关（TC/CC vs.TT,OR=1.37,95%CI=1.07-1.76）。然而,在女性人群中,未发现这两个基因多态性位点与LAA型脑梗死的发病风险有关。在年龄<60岁人群中,rs2074633 and rs28688791的C等位基因与LAA型脑梗死的发病风险有关（rs2074633:TC/CC vs.TT,OR=1.46,95%CI=1.10-1.95,P=0.009;rs28688791:TC/CC vs.TT,OR=1.55,95%CI=1.16-2.07,P=0.003）。在年龄≥60岁人群中,未发现这两个基因多态性位点与LAA型脑梗死的发病风险有关。此外,这两个基因多态性位点与年龄存在交互作用（rs2074633:P交互=0.027;rs28688791:P交互=0.044）。Rs28688791 的CC 基因型（OR=1.46,95%CI=1.02-2.08;P=0.037）与中-重度卒中有关（NIHSS≥ 6）。此外,rs2074633（OR=1.76,95%CI=1.10-2.80;P=0.019）和 rs28688791（OR=1.70,95%CI=1.08-2.67;P=0.023）的 CC 基因型与 LAA 型脑梗死患者的短期不良预后有关。生物信息学分析显示rs2074633的C基因可以增加转录因子Pax-5Know4的结合活性。另一方面,rs28688791的C基因也可以增加转录因子 E2Fknown1、E2Fknown2 和 E2Fknown5 的活性。结论:本研究显示HDAC9基因多态性可能作为LAA型脑梗死的遗传易感性、卒中严重程度及短期功能预后的标记物。