目的CpG位点的异常甲基化是肿瘤早期而且是常见的基因改变。拟建立一种基因芯片,能够定量检测急性白血病E-cadherin基因的甲基化改变。初步探讨基因芯片在肿瘤甲基化检测中的作用。方法用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,并以此为模板进行PCR扩增。目的序列中未甲基化的CpG位点被翻转成TpG,而甲基化的CpG位点保持不变。设计五组探针构建一种检测E-cadherin基因启动子区甲基化改变的芯片。每组探针包括分别与完全甲基化DNA和完全非甲基化DNA互补的两条探针,检测相邻3或4个CpG位点。通过TA克隆、PCR以及基因测序,确保获得大量Cy3标记的甲基化纯阳性目的序列和甲基化纯阴性目的序列。将两者按不同比例混合,与固定好5组探针的基因芯片杂交,得到不同检测位点的荧光强度图。根据荧光强度图绘制定量检测用的标准曲线图。最后将白血病骨髓样本经抽提DNA、亚硫酸氢盐处理、PCR扩增后获得靶序列。将靶序列与芯片杂交,用荧光扫描仪扫描,读取荧光强度,用标准曲线图定量。结果5组探针对应的5条荧光强度标准曲线图,R2=0.9660~0.9963,均呈很好的线性关系,可以用来消除背景“噪音”,定量检测样本。然后用基因芯片成功的定量检测了5例急性白血病样本E-cadherin基因的甲基化改变,5个检测区域不同程度发生了甲基化,且发生高甲基化的区域一致。检测结果经过基因测序验证。讨论芯片上探针检测的可重复性和精确性良好,并成功实现定量检测待测样本的甲基化改变。基因芯片能够作为一种定量检测基因甲基化改变的有效工具,并用于白血病甲基化的定量研究。相比基因测序省时省力,且能实现定量和高通量检测。