2010年7月29日备受关注的《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010—2020年)》正式全文公布。规划中所指出的“完善中国特色现代大学制度”,“完善大学校长选拔任用办法”,“探索教授治学的有效途径”等指导性意见体现了国家对高等教育管理改革的决心。面对当前我国行政管理体制改革的契机,完善大学校长遴选机制的条件也日趋成熟,如何完善大学校长遴选机制将会成为大学管理体制改革的一项重要工作。台湾省作为我国不可分割的一部分,其高等教育的发展浓缩了台湾教育人的心血与努力,两岸现代大学制度一脉相传,又使得台湾在现代大学制度完善过程中取得的改革经验足以为大陆所借鉴。因此两岸公立大学校长遴选制的比较对加强两岸高教交流,促进国家教育发展大有裨益。具体来讲,本文将从两岸校长遴选的相关教育政策法规入手,综合两岸大学校长遴选实际情况,通过文献分析、因果分析、实例分析、比较借鉴等研究方法,对以下问题进行较为细致的研究：第一,大学校长遴选机制基本概念的厘清。首先限定本文研究的大学为两岸政府付资兴办的本科层次以上的高等学校；其次通过辨析遴选、甄选、选拔,对遴选进行定义；最后通过定义机制、体制、制度,对本文研究对象——大学校长遴选机制进行释义与分类,为后文研究进行理论铺垫。第二,介绍大陆地区公立大学校长遴选机制形成的基本情况。首先通过介绍国家对国务院部门所属学校管理体制和布局结构进行调整后我国高等教育管理体制改革所取得的成果,明确我国现行的高等教育管理体制为“中央和地方政府两级管理、以地方政府为主”的新型管理体制；其次明确大学内部领导体制为党委领导下的校长负责制,分析了党委与校长的关系；在此基础上根据我国公立大学五种不同行政隶属级别分析校长任命权的归属。第三,介绍台湾目前校长遴选机制形成的基本情况。首先简要介绍台湾公立大学校长遴选机制确立的过程；其次申明不断修订的台湾《大学法》在大学校长遴选制确立过程中产生的重要意义。第四,比较两岸公立大学校长遴选机制。分别从两岸校长遴选制形成方式、遴选基本标准、遴选程序、遴选方式及具体工作安排等方面进行比较,同时对二者出现的差异进行原因剖析。第五,鉴于两岸遴选制的不同,分析大陆地区大学校长遴选机制的问题并提出合理的建议。首先与台湾《大学法》相比,大陆地区《高等教育法》对大学校长遴选机制的缺失暴露了我国高等教育立法不健全的问题；其次,通过梳理我国公立大学与政府的关系,凸显两者之间行政隶属关系所带来的负面影响；再次,对大陆大学校长的身份进行探讨,明确校长错位的行政官员身份；第四,分析公立大学沿用建国以来常用的行政任命制所带来的弊端；第五,提出校长遴选制存在标准模糊化、过程神秘化等问题。根据我国大学校长遴选机制存在的问题本文提出完善高等教育立法、明确大学法人实体及校长遴选机制；明确政府职责、转变政府管理方式；实现“政校分开”、改革高校管理体制；实现大学去行政化；促进大学校长职业化、遴选方法科学化；完善中国特色现代大学制度等六项建议。