由禾谷镰刀菌引起的小麦赤霉病是小麦生产的毁灭性病害。在多种赤霉病防治的措施中，抗病品种的应用是最经济有效的防治手段。抗赤霉病基因地有效利用是抗病育种的关键。目前已经鉴定了一批优良的抗源，并对其中一些进行了抗赤霉病QTL定位，为它们的有效利用奠定了基础。 EST标记是根据EST序列开发的一类新型分子标记。该类标记资源丰富、通用性好、特异性强。本研究利用来源于赤霉菌诱导的苏麦3号幼穗cDNA文库EST序列，设计EST-STS引物，在此基础上进行EST的遗传定位。本研究所用的EST涉及到信号传导、转座子、转运蛋白、细胞生长/分裂/结构、代谢等功能。在751对EST引物中，成功扩增的有582对，其中77对在南大2419和望水白之间揭示多态，多态率为13.2％，涉及83个位点。通过连锁分析已将其中73个位点整合进南大2419×望水白遗传图谱。 对定位的EST标记，以病穗率(PIS)作为赤霉病抗侵入指标进行单向方差分析，获得三个极显著相关的EST标记。其中，Xzmh1453和Xzmh1241分别被定位于5A抗侵入QTL区间之内和旁侧，Xzmh1194被定位于2D抗侵入QTL区间。对定位的EST标记，以病小穗数(NDS)和病轴长(LDR)作为赤霉病抗扩展指标进行单向方差分析，获得两个穗中表达，在根和茎中表达很弱或检测不到表达。 采用标记辅助回交选育望水白抗赤霉病QTLs的近等基因系，将定位在望水白3BS、6BS和SA和4B染色体上的四个主效QTLs转育到了扬麦12号、PH691和绵阳2000-1三个遗传背景中。分子标记分析表明BC4F1代的回复率(RGC)在82％到100％之间。利用PDS15作为抗侵入的指标，对一些抗侵入QTL的效应进行了初步分析。