从上个世纪九十年代开始，医学图像配准技术得到了快速发展。本文以开发基于Linux环境下PC机的三维多模态医学图像配准系统的实际课题为背景，深入研究了医学图像配准和图像分割方面的相关技术，提出了一种综合应用图像分割与互信息的多模态医学图像自动配准方法。文章阐述了医学图像配准技术的分类和发展概况，介绍了图像分割领域中的门限法、数学形态学和k-means聚类方法，并给出了实现方法和MATLAB仿真结果。提出了多模态医学图像配准方法。同时论述了开发Linux环境下医学图像配准系统的方法，介绍了Linux环境下常用的软件开发工具，以及如何利用C/C++语言和Motif函数库开发三维医学图像自动配准系统DVD-Registration。对DVD-Registration的使用方法进行了简单的介绍，并且给出了利用DVD-Registration得到的三维多模态医学图像配准结果。