沙门菌是对人和动物造成危害的重要食源性病原菌之一,该菌严重阻碍了畜牧养殖行业的发展。生猪养殖是我国重要支柱行业,而生猪作为沙门菌的重要宿主之一,沙门菌可以通过其进行传播,进而对食品、环境造成污染,机体摄入被沙门菌污染了的食品或有毒有害等致病因子从而导致人和动物出现腹泻、呕吐等症状,严重时可引发菌血症、伤寒和胃肠炎等疾病,甚至出现死亡。本研究为了调查不同地区生猪屠宰场沙门菌的污染情况及其耐药性,对位于河南、陕西以及河北三个地区的五家不同规模的生猪屠宰场进行样片采集,之后对分离得到的菌株进行多位点序列型（MLST）和药敏试验,并对部分菌株进行全基因组测序。生猪屠宰场沙门菌的分离鉴定与流行传播共采集样品1455份,样品来源于生猪宰前、屠宰过程（致昏、脱毛、劈半、冷库）和屠宰车间环境,共分离获得沙门菌336株,分离情况为待宰生猪环节83株、致昏环节87株、脱毛环节64株、劈半环节39株、冷库环节24株、烫毛水样14株、刀具3株及屠宰车间地面17株。而后对所有菌株进行多位点序列分型（MLST）,结果显示,对屠宰场样品所分离到的336株沙门菌中有323株被鉴定出ST型,而另外13株未确定其ST型;已定型沙门菌菌株分属于11个ST型,其中优势ST型依次为ST40型（n=119）、ST469型（n=82）和ST34型（n=46）。五家屠宰场（A场、B场、C场、D场和E场）共7批样品（其中B场和C场各进行两次采样）所分离的沙门菌的ST型结果显示,其中A场、C1场（C场第一批次样品）和C2场（C场第二批次样品）的优势沙门菌分别为ST34型、ST40型、ST19型,而B1场（B场第一批次样品）、B2场（B场第二批次样品）、D场和E场的沙门菌优势ST型分则均为ST469型。上述研究结果说明虽然本次试验所分离的沙门菌以ST40型沙门菌为优势ST型,但由于地区差异以及屠宰场环境条件等因素导致不同屠宰场沙门菌优势ST型流行情况不同。沙门菌于屠宰环节以及环境的检测结果发现,生猪屠宰场加工过程以及环境中存在沙门菌的污染,这说明并易通过空气、水、刀具以及屠宰车间地面进行传播,而且有随屠宰链传播的风险,如C1场的ST40型菌株和E场的ST469型菌株在其多个屠宰环节均存在。ST40和ST469型沙门菌主要集中污染于待宰生猪以及致昏环节,说明污染来源于猪体自身带菌。而烫毛池水、地面和空气的环境样品也检测到ST40和ST469型沙门菌,这也提示了屠宰过程中存在屠宰链-环境交叉污染的情况。生猪屠宰场沙门菌耐药表型研究本试验共选用了13种抗菌药物,并通过琼脂稀释法对所分离得到的336株沙门菌进行耐药表型试验,结果显示:沙门菌对受试药物产生了广泛的耐药性,对3种以上抗菌药物产生耐药性的菌株所占比例达到90.77%,所有沙门菌至少对1种抗菌药物具有耐药性。其中分离株对头孢他啶（CAZ）的耐药性最强,耐药率高达99.40%,其次为甲氧苄啶（TMP）,耐药率为91.37%,而所有菌株对美罗培南（MEM）和阿米卡星（AK）均表现为敏感。多重耐药菌株主要以耐6种药物的菌株为主,所占比例为21.13%,耐5种药物以及耐7种药物的菌株数量次之,所占比例均为17.56%,且发现1株沙门菌对11种药物产生了耐药性。336株沙门菌共产生了65种耐药谱,优势耐药谱为CAZ-AMP-DOX-CIP-TMP-FF（35/336,10.42%）,不同地区沙门菌耐药谱不同,河南省以CAZ-AMP-DOX-CIP-TMP-FF（22/336,6.55%）为优势耐药谱,陕西省以CAZ-KAN-GENAMP-DOX-CIP-TMP-FF（21/336,6.25%）为优势耐药谱,河北省则以CAZ-AMP-DOXTMP-FF（22/336,6.55%）为优势耐药谱。不同ST型的沙门菌耐药表型存在差异,其中ST34、ST469和ST516型沙门菌除对阿米卡星（AK）和美罗培南（MEM）敏感外,对其余11种抗菌药物均产生了不同程度的耐药性。药敏试验结果还发现11种不同ST型沙门菌均对头孢他啶产生了极高的耐受性,除ST469型沙门菌对该抗菌药物的耐药率为97.56%之外,其他10种ST型沙门菌对于头孢他啶的耐药率均达到了100%。生猪屠宰场沙门菌全基因组重测序对C1场的来自于不同屠宰环节和环境样品中的30株沙门菌进行全基因组测序,测序结果显示:其中德尔卑沙门菌（S.Derby）22株、鼠伤寒沙门菌（S.typhimurium）7株以及里森沙门菌（S.Rissen）1株,经过多位点序列分型结果比对,德尔卑沙门菌属于ST40型沙门菌,鼠伤寒沙门菌属于ST34型沙门菌以及里森沙门菌属于ST469型沙门菌。通过数据库比对共发现33种耐药基因,包括喹诺酮类、氨基糖苷类、磷霉素类、磺胺类、四环素类、氯霉素类、β-内酰胺类以及利福平等多种药物的耐药基因,其中aac（6’）-Iaa基因检出率最高为100%,sul2基因次之,为93.33%,bla CARB-2检出率最低,为6.67%。且检测到部分菌株含有对季铵盐类具有抗性的基因qac E,因此携带该基因的沙门菌可能对季铵化合物类的消毒剂具有抵抗作用;不同ST型沙门菌所携带的耐药基因存在差异,如ST40型沙门菌含有aac（6’）-Ib-cr、oqx A、oqx B、par C、qnr S2等基因,但ST34型沙门菌却不携带以上几种耐药基因。毒力基因预测结果显示:沙门菌所含毒力基因数量较多,共287种,涉及入侵、黏附、分泌系统和毒素等多个方面,且7、9和18号菌株所携带的毒力基因的数量要多于其他菌株,主要与耐酸性、入侵、免疫逃避、内毒素、鞭毛以及铁离子摄取等方面有关,除此之外还检测到了克雷伯氏菌所含有的Rcs B/Rcs A系统,该系统可以调节荚膜多糖的表达,帮助其抵抗外界环境压力。对菌株进行系统发育分析,发现不同来源的沙门菌在遗传关系上存在一定关联,发现ST40型沙门菌和ST34型沙门菌均在生猪屠宰过程中存在,且各分到了一个分支,且空气样品所分离到的ST34型菌株与屠宰环节中的ST34型菌株遗传进化关系相近,证明了该场屠宰过程中存在沙门菌可沿屠宰链进行传播,以及存在环境-屠宰加工沙门菌交叉污染的情况。本研究通过多位点序列分型（MLST）、药敏试验以及全基因组重测序等手段对不同地区生猪屠宰场的沙门菌进行研究,从而探究沙门菌的耐药性和流行传播规律,为制定合理的临床用药方案,并对其进行溯源追踪,建立生猪屠宰过程中沙门菌的风险关键控制点,从而实现对沙门菌有效的防控与监测。