多组冠状病毒基因序列2D可视化

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基因序列的研究一直关乎人类的发展,出自严复译著《天演论》中的“物竞天择,适者生存,优胜劣汰”很好诠释了物种与自然之间抗争。从20世纪到21世纪爆发的几类冠状病毒,其基因序列都各有特色。2019年末至2020年世界多个国家因爆发新型冠状病毒(SARS-CoV-2)致使百万人感染,冠状病毒的爆发对国家人力、物力都造成严重损害。新型冠状病毒属于RNA病毒,为了适应生存,RNA病毒突变在自然界很是常见,因此要研发其病毒疫苗很是不易。研究发现每一次流感病毒爆发基因序列较与往爆发的病毒都存在一定的差异性。病毒在进化过程一直处于突变状态,在突变中某段序列发生变化,但也存在相似的碱基分布,无论是对以往发生的冠状病毒序列研究还是对于新型冠状病毒的基因序列研究都是不容置疑的工作。冠状病毒给人类带来巨大威胁,故为了人类生命健康研究病毒基因序列变得十分必要。二十世纪六十年代首次发现人类冠状病毒,在针对引发人类疾病的冠状病毒中,因分析出病毒基因序而研制出治病良方已经有很多例子。技术的发展使得获取冠状病毒数据量是非常迅速,直至新型冠状病毒爆发以来,数据库中的数据不断跟新。直接对大量数据观察,不利于我们分析,借助可视化方法将基因序列信息转化成图像信息后,可以利用非常成熟的图像处理技术对基因序列信息进行分析。处理不同的基因序列使用恰当的可视化方法能够便于找出基因序列之间存在关联关系并展现出基因序列所具有的碱基分布特征。本文处理冠状病毒基因数据的可视化方法是基于变值逻辑与统计学的思想,首先将基因序列分段进行相应数值转换然后统计每段碱基数,计算出其对应的概率;其次将其概率进行极坐标转换,然后运用类格拉姆矩阵将极坐标映射为矩阵,就能将一维序列处理成二维图示,最后对得到的图示结果进行分析。
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