2006年，我国提出了“提升自主创新能力，建设创新型国家”的战略部署，党的十七大也将建设创新型国家作为国家战略提出，自此之后中国才真正的将自主创新作为提升综合国力的重心。根据国际调查数据，我们这个拥有着五千年深厚文化底蕴的祖国在创新能力方面处于被动地位，世界49个主要国家我国的创新能力仅居第28位，与科技创新强国无缘。目前，自主创新已经成为我国学术界、产业界和政府共同研究的课题。长春市作为东北老工业基地的典型，在企业技术创新、产业创新以及区域创新体系建设的研究都取得了一定的成果，但与创新水平较高的城市相比，差距还是很大的。在进一步推进自主创新，提高自主创新能力，建设创新型城市的过程中长春也遇到了许多障碍，其中创新机制不活成为制约长春市自主创新能力进一步提高的主要瓶颈。在本文，我们首先对国外创新型国家及国内发达城市的创新机制演化轨迹进行研究和阐述，通过国外创新型国家及国内发达城市的创新机制建设经验总结与研究，为长春市创新机制建设提供借鉴，本文对自主创新机制的研究是建立在机制设计理论之上的，运用机制设计理论知识建立满足参与约束、激励相容约束的自主创新模型，结合长春市自主创新投入、产出等数据，进一步运用matlab对自主创新模型进行分析和模拟，找出自主创新机制建设和发展的规律，进一步为长春市机制建设提供有意义的指导和建议。我们针对长春市自主创新实际情况，深入调查，与我国其他创新能力发展较好的城市相比较，掌握长春市区域自主创新体系建设的现状与问题，并在本文的最后，我们再次根据国内外创新机制建设的经验以及自主创新模型所反映出的自主创新机制运行规律，提出适应于长春市的自主创新能力提升的保障性政策措施。本文的研究具有一定的紧迫性、实用性和可操作性，首次应用机制设计理论来设计能够有效提高自主创新能力的机制，对长春市自主创新能力的提升以及创新体系的建设具有重要的现实意义。