测序技术发展日新月异,第二代高通量测序已成为主流技术广泛应用于各个领域,与此同时基于单分子读取的第三代测序技术也逐渐发展起来。越来越多的测序项目得以开展,随之产生了大量各具特点的测序数据:第二代高通量测序精确度较高,但是测序序列读长较短;第三代测序序列读长较长,但测序误差较大。充分挖掘并科学整合两种测序序列中的生物信息资源,进一步得到生物完整的基因组注释,对转录组学的研究具有重要意义。热带爪蟾凭借自身生长周期短、胚胎发育快、染色体为二倍体等优点,发展成为基因组学、早期胚胎发育学和遗传学等领域中重要的两栖类模式物种。本文针对热带爪蟾,基于二代三代测序序列,设计了一套完整的基因组注释流程,注释流程分两部分:二代三代序列的转录组组装和基于组装结果的基因组注释。第一部分利用二代序列通量高、精确度高的优势进行了从头组装和有参考组装两种方式初步构建转录本;借助二代序列对三代序列进行校正得到全长转录本;将上述两种转录本比对到参考基因组上,获得具有更长序列的转录组。第二部分依赖从转录组中提取的开放型阅读框架构建热带爪蟾的隐马尔科夫模型,进行基因结构从头预测;比对获得热带爪蟾同源转录本;以组装获得的转录组为基础,结合基因结构从头预测结果和同源转录本,参考同源蛋白质序列等公共数据,最终整合得到热带爪蟾基因组注释。分析结果表明,本文设计的基因组注释流程有效发挥二代三代测序序列的各自优点,整合两种测序序列进行转录组组装,参考不同来源的生物数据,获得丰富准确的注释证据,完整注释出两栖类真核生物的基因组信息。与已有的注释版本相比,本文最终获得热带爪蟾基因组注释增加了基因和编码区的数量,扩充了原有基因的长度,为后续的基因组功能注释、比较基因组分析和重测序等相关研究奠定了良好的基础。