在信息技术高速发展的今天,伴随着经济全球化的不断发展,不同区域、层级、部门或不同团体之间的联系日益紧密,他们之间的业务、功能与权责等也日益复杂。传统的“行政区行政”的治理模式因其过于刚性和“内向性”“封闭性”的行政特征,已经不能单方面解决发生在他们之间的复杂的跨域问题了,所以必须以跨域治理的概念加以探析。既是治理,所涉及到的主体就应该包括政府、企业、第三部门和公民,强调的应该是多元主体间的相互协商与合作。公民作为一个主体在其中扮演着一个重要的角色,起着不可或缺的重要作用。　　 公民治理成就跨域治理的品质,没有公民的有效参与,治理必然会失效。巢湖流域水污染治理问题,具有跨域治理的本质特征。虽然巢湖流域的各级政府在加强公民参与方面做出了极大的努力并取得了一定的成绩,但是因为受到公民自身素质、相关法律法规不健全以及机制不完善等因素的影响,巢湖流域水污染治理中的公民参与还存在着不足。　　 本文采用理论分析和实证调查的方式,以巢湖流域水污染治理这一跨域治理中的公民参与问题为实证,对其中存在的问题进行深入的探讨并找寻其中的缘由。从而提出在跨域治理中加强公民参与,应该从完善制度,机制等方面做起,方能解决跨域治理中公民参与的问题,弥补公民参与的不足。