1988年我国设立农业综合开发基金以来，一直以实现“农业综合效益提高、粮食增产与农民增收结合”作为开发重点。二十多年的发展，我国农业产能、效益都得到了很好的提高，但农民增收困难这一农村经济和社会发展面临的突出问题却愈发凸显，因此，引导农民向农业的深度和广度进军，成为了新阶段农业综合开发的基本目标。选择扶持农民专业合作社这一农民的组织，就是为建立一个直接扶持农民的平台。从2007年起，我国农业综合开发办公室引导并鼓励有条件的农民专业合作社申请“土地综合治理”和“农业产业化经营”这两类农业综合开发项目。国家发展改革委、财政部、农业部、水利部、林业总局、供销合作总社等多个部门也积极响应，给予合作社各项优惠政策。从实践来看，运行“项目管理”的模式使农业综合开发和农民专业合作社得到了很好的发展，但来自合作社自身的局限和扶持机制的不完善，也使得这一扶持方式留有进一步改进的空间。本文的研究目的就在于明确农民专业合作社在农业综合开发中的地位，明晰作为连接政府与农民桥梁的农民专业合作社在农业综合开发中发挥的纽带作用、以及农业综合开发应如何更好扶持这一组织的问题。本文主要采用理论与实践相结合的定性研究方法，通过查阅文件、文献及实践调查报告，整理归纳农业综合开发扶持农民专业合作社的项目类型、项目要求、运作方式，并通过对成功承担农业综合开发项目的农民专业合作社案例剖析，提出农民专业合作社是实施农业综合开发项目的重要载体，扶持农民专业合作社，就是扶持农业、扶持农民。同时，论文分析了农业综合开发在对农民专业合作社扶持方式上存在的一些问题，在借鉴国外政府扶持合作社的有效方式基础上，提出完善我国农业综合开发帮扶农民专业合作社成长的政策建议。本文的创新之处在于关注在农业综合开发与农民专业合作社的对接联系上，为完善我国农业综合开发扶持农民专业合作社提供一定依据。抛砖引玉，希望这些问题可以引起其他学者的进一步思考，从而丰富和发展关于该问题的理论研究。