在经济全球化和中国经济社会持续改革开放的背景下，区域间竞争已经呈现出愈演愈烈之势。打破市场壁垒，使市场资源实现自由配置和合理流动，是中国地方政府间亟待解决的重要问题。长三角地区是我国经济发展水平最高、综合实力最强、市场化发育程度最高和最具活力的地区，为研究中国区域协调发展政府协同治理提供了合适样本。本文立足区域协调发展的需求和中国政府实际运行的制度基础，采用理论分析方法，在认真梳理跨区域治理理论发展脉络的基础上，结合中国当下的权力结构特点，将研究视点关注于区域政府治理机制的研究，关注于政府在协同治理中的主导或引导作用，在中央-地方政府间纵向维度和地方政府间横向维度这两大关系中，选取了长期被忽视的地方间政府关系，从竞争和合作两大维度进行重点分析，通过对协同学和跨区域治理理论脉络的梳理分析，提出了政府协同治理的基本定义、研究范畴和实践意义。这一研究视角的变化，跳出了以往跨区域治理重在对治理主体进行结构性研究的传统思路，是与我国目前的政治体制、行政文化、社会发育的现实状态相适应，是经由实践检验切实可行的，也是公共领域跨区域治理可以走出来并走下去的路径选择。本文通过对国内外区域政府协同治理模式的比较研究，提出了中国“中央-地方”政府交互治理模式，阐述了这一范式下中央政府发挥作用的发展战略、区域规划、重大项目三大主导机制，分析了这一范式具有的“治理主体的博弈性、权力运行的多向性、治理过程的协同性、治理目标的效率性”等四大特征以及存在的局限性，从而为中国区域政府协同治理模式提供了可参照的范式。本文采用实证分析法，认真梳理目前在我国跨区域治理实践中，特别是长三角区域政府协同治理实践中的经验做法。在总结提炼的基础上，初步构建了长三角区域政府协同治理以决策层为核心，由决策层、协调层和执行层共同组成的“三级运作、统分结合、务实高效”的多层次合作机制的基本框架，为中国区域协同治理机制的建构提供了可行的实践样本。并将分散在实践活动中的定期会晤沟通机制、信息资源共享和动态跟踪机制、异地联动执法机制、突发事件应急联动机制整合成为区域协调发展政府协同治理机制的完整体系。本文探索了区域政府协同治理机制完善的路径，提出了行政协议制度是区域政府协同治理机制走向法治化的路径选择，区域公共产品交易制度是区域政府协同治理走向市场化的路径选择，并构建了区域协同度指数，为验证区域政府协同治理效果提供了分析评价模型。本文以问题为导向，从长三角区域政府协同治理当前面临的政府协同治理机制不健全、既有协调机制中市场机制作用不明显和社会力量参与不充分三大问题出发，结合后金融危机时代全球经济深度调整、新型工业化进程中我国经济转型发展、网络化时代民主变革及社会创新、长三角区域治理的深化与拓展等背景，指出了长三角区域政府协同治理从机制完善向多元主体“共治”的复合治理范式转型的总体思路，并对范式转型的价值选择和实施路径进行了探讨。