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本文利用微卫星标记技术,分析了7个鸭品种（金定鸭、连城白鸭、莆田黑鸭、山麻鸭、北京鸭、番鸭和卡基康贝尔鸭）在32个微卫星基因座上的遗传多样性。根据等位基因频率、多态信息含量、杂合度、有效等位基因数、遗传距离和聚类结果,评估各品种内的遗传变异和品种间的遗传关系。结果表明如下:1.7个鸭品种在32个微卫星基因座中共检测到371个等位基因,平均每个基因座有11.7188个等位基因。有8个共享等位基因,每个群体都有其特有的等位基因,每个基因座都有其优势等位基因。2.32个微卫星基因座在7个鸭品种中的平均多态信息含量为0.5224,其中微卫星CAUD070的多态信息含量最高（0.8159）。各位点的有效等位基因数在5.1410-6.96116之间,其中卡基康贝尔的平均有效等位基因数最少（5.1410）,北京鸭的平均有效等位基因数最多（6.9611）。7个群体的基因杂合度变化范围在0.5115-0.7000之间,杂合度较高。3.哈代-温伯平衡检验结果表明,只有个别位点的在个别品种中处于平衡状态,如北京鸭中的APH13和CAUD045、金定鸭中的CAUD004和APH13等,其它位点都处于不平衡状态。造成不平衡的原因很多,主要原因是非等位基因之间遗传共适应的差异以及位点间的连锁等,包括采样误差,以及群体本身确实处于濒危状态,基因位点不平衡。4.F-统计量分析表明:各微卫星基因座FST的变化范围从基因座CAUD037的0.0381到基因座APL82的0.6277,平均值为0.2888。各基因座的Nm的变化范围从基因座APL83的0.3598到CAUD070的2.5919,平均值为0.6156。5.用Popgene32软件分别计算7个鸭群体之间的Nei氏标准遗传距离DS和DA遗传距离,并用该软件对其进行聚类,结果表明,连城白鸭与莆田黑鸭的遗传距离最近。用DA和DS遗传距离将7个群体分为3类,其中福建地方特色品种金定鸭、莆田黑鸭、连城白鸭、山麻鸭与卡基康贝尔鸭聚为一类,而北京鸭聚为一类,番鸭也聚为一类,其中北京鸭和福建的4个地方品种又聚为独立于番鸭的一类。所得聚类图与种群的真实关系较为符合。6.本研究结果可为进一步开展福建省地方鸭品种的审定、保护及开发利用提供科学的依据。