卫生行业作为民生行业与百姓生活息息相关,而百姓平时看病就医基本上在基层医疗机构,政府职能的发挥对基层医疗机构运行起着至关重要的作用。本研究以新的医药卫生体制改革和十八大报告中提出的“人人享有基本医疗卫生服务”为背景,以百姓普遍关注的“看病难、看病贵”问题为出发点,通过政府职能对医疗卫生系统影响的相关理论回顾和借鉴,分析了宝应县政府职能对宝应县基层医疗机构的作用机理,通过新医改(2009年)前后宝应县基层医疗机构各种数据比较,实证政府职能对基层医疗机构运行的影响程度。在此基础上,指出政府职能在基层医疗机构运行过程中的不足,并提出相关建议和对策。研究结果表明：1.政府职能的发挥对基层医疗机构的运行起着积极作用。(1)政府在政策制定和执行上对基层医疗机构运行起着指导性作用。政府每出台一个新的有关医疗卫生体制改革方面的文件,决定了基层医疗机构的发展方向。如政府要求规范设置规划、核定编制,基层医疗机构能够及时依照标准规划建设、定岗定编,解决长期以来的业务用房不足、人员编制不足、床位不足等关键问题。政府实行了基本药物制度,百姓看病只要在基本药物目录范围内,实行零差价。(2)政府在财政补助和资金拨付上对基层医疗机构运行起着关键性作用。医改前,各级政府也下发过许多有关医疗卫生领域的文件,但因财政经费不足,补偿不到位,没有全额拨付或者根本没有拨付有关项目经费,基层医疗机构在基础设施建设、重大设备投入等方面困难重重。医改后,各级财政加大对基层医疗机构运行的补助,县级医院各种设备更新换代,乡镇卫生院在硬件设施方面有了长足发展,宝应县有两家乡镇卫生院有了电子计算机断层扫描,老百姓在家门口就能接受大型仪器诊断。(3)政府监管是基层医疗机构良性运行的必要保证。(4)政府在人才引进和培养上对基层医疗机构运行起着决定性作用。宝应县加大人才招引力度,从2008、2009年的十几个人,到2015年的97人,每年招聘人数也大幅增加。政府命名的“名师工作室”、“宝应名医”,在基层医疗机构中起到树立典型、引领先锋的模范作用。2.政府职能的缺失在一定程度上阻碍了基层医疗机构的运行发展。(1)补偿机制不健全、补偿不到位。(2)绩效考核体系不完善。(3)药品保障体系不健全。根据理论分析与实践研究结果,本文提出相关建议与对策：1.建立多渠道财政补偿机制。2.完善激励性收入分配机制。3.持续巩固基本药物制度成果。